Распределение генов по цепям
-
Количество генов белков и генов РНК по категориям
Геном бактерии Rothia nasimurium представлен кольцевой хромосомой и двумя плазмидами. Гены закодированы на прямой и обратной цепях. Количество генов - 2298. Из 2298 генов 2233 кодируют белки, и 65 гена – различные виды РНК. Количество генов, кодирующих различные виды РНК и белки продемонстрирован в таблице 1. Общее содержание G+C в хромосоме составляет 59.55% [1]
Из таблицы видно, что большая часть генов кодирует белки. Также имеются 2 некодирующие, 10
рибосомальных, 52 транспортные и 1 транспортно-матричная РНК.
Транспортно-матричная РНК — небольшая РНК длиной от 260 до 430 нуклеотидов, которая участвует в
высвобождении рибосом, «застрявших» во время трансляции проблемных участков мРНК, а также
разрушении получившихся в ходе неполной трансляции дефектных пептидов [4].
-
Распределение генов по цепям ДНК
Как уже упоминалось выше, гены закодированы на прямой и обратной цепи ДНК. Была составлена таблица 2, иллюстрирующая их распределение.
Гены по комплементарным цепям распределены не равномерно с незначительным превышением генов
CDS на прямой цепи и генов RNA на обратной. Такое распределение генов на прямой и обратной цепях
ДНК предположительно происходит для дополнительного уменьшения размера генома микроорганизма.
Распределение длин белков
Белковых продуктов получается меньше, чем генов в геноме, так как гены РНК не кодируют белки
Наибольшее число белков имеет длину в пределах 100-400 пар нуклеотидов (п. н.). По мере увеличения
длины белка постепенно уменьшается число белков с данной длиной. Пик длины приходится на белки с
длиной 200-300 пар нуклеотидов ( их 513). Число белков с длиной больше 600 сильно уменьшается.
Длина наибольшего белка 1937. Длина наименьшего 22
Расстояния между последовательными кодирующими последовательностями (CDS) на плюс-цепи самой большой хромосомы.
Максимальное расстояние между CDS 28902. Минимальное -40.
Почти между всеми последовательными кодирующими последовательностями (CDS) расстояние в
диапазоне между -40 и 960, так что я решила рассмотреть этот участок поподробнее.
Как видно на гистограмме расстояние между большинством CDS (их 248) находится в диапазоне от 0 до
50. Но интереснее те CDS расстояние между которыми от -50 до 0. Это значит, что эти
последовательности пересекаются. Интересно, что пересекающихся последовательностей довольно
много (их 126). Т.е. из всех CDS (всего их 1124) 11.2% пересекаются.
Сопроводительные материалы
[1] Rothia nasimurium - NCBI - NLM (nih.gov)
таблица Google table arina-smelnitskaya_genome - Google Таблицы
Геном бактерии был взят с сайта
Список литературы
[2]Ван М., Ли И., Линь С., Сюй Х., Ли И., Сюэ Р., Ван Г., Сунь С., Ли Дж., Лань Цз., Чэнь Дж.2021 Июнь.2021.104770. Epub 2021 12 февраля.Генетическая характеристика, механизмы и риск распространения антибиотикорезистентности Rothia nasimurium с множественной лекарственной устойчивостью https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33588066/
[3] Коллинз М.Д., Хатсон Р.А., Баверуд В., Фальсен Э. Характеристика ротиаподобного организма мыши: описание Rothia nasimurium sp. и реклассификация Stomatococcus mucilaginosus в Rothia mucilaginosa comb. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10843069/
[4] Материал из Википедии — свободной энциклопедии Транспортно-матричная РНК — Википедия https://ru.wikipedia.org/wiki/Транспортно-матричная_РНК