Анализ белка регулятора транскрипции HTH типа (PDB 1SFX)

  1. Структура в целом

    2. Макромолекула представляет из себя консервативный гипотетический белок локуса AF2008. Этот белок состоит из двух полимерный цепей A и В, идентичных по аминокислотному составу, но незначительно отличающихся расположением малых молекул.

    Структурная формула белка
    Рисунок 1. Структурная формула белка, состоящая из двух белковых цепей
    Во вторичной структуре преобладают α-спирали
    Структурная формула белка
    Рисунок 2. Структурная формула белка. Голубым обозначены α-спирали, фиолетовым обозначены β-слои
    Биологическая единица представляет собой функциональную форму белка. Данный белок имеент две биологических единицы. Первая идентична белку и состоит из 2 А цепей, а вторая является димером и состоит из 4 А цепей.
    Строение биологической единицы 2
    Рисунок 3. Структура биологической единицы 2, состоящей из четырех белковых цепей
    В структуре имеется модифицированный аминокислотный остаток - селенометионин, таких модифицированных остатков 3 в одной А цепи и 2 в В цепи. модифицированные аминокислотные остатки

  2. Отдельные цепи

    3. Данная макромолекула принадлежит Archaeoglobus fulgidus, ее uniprot_id O28271. Это консервативный гипотетический белок AF2008 с не определенной функцией. Относительно референса из Uniprot последовательность содержит 3 мутации. Так же в цепи есть модифицированные аминокислотные остатки (MET)

  3. Малые молекулы

    4. Последовательность содержит 2 малых молекулы: хлорид-ионы (CHLORIDE ION, CL) и молекулы этиленгликоля (1,2-ETHANEDIOL, EDO). Ссылки на файлы с соответствующими строками из PDB: хлорид-ионы , молекулы этиленгликоля.

    Рисунок 4. Белковое окружение молекулы этиленгликоля в радиусе 5 ангстрем          Рисунок 5. Белковое окружение молекулы хлора в радиусе 5 ангстрем