Выравнивание последовательностей

  1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

    2. Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
    Superoxide dismutase [Mn] SODM_ECOLI SODM_BACSU 635.5 58.9% 66.5% 10 3
    Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha RIR1_ECOLI RIR1_BACSU 465.0 21.3% 36.7% 233 32
    Homoserine kinase KHSE_ECOLI KHSE_BACSU 278.5 26.0% 44.3% 49 12

  2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

    3. Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
    Superoxide dismutase [Mn] SODM_ECOLI SODM_BACSU 639.5 59.1% 66.8% 8 3 98.56% 96.65%
    Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha RIR1_ECOLI RIR1_BACSU 475.0 23.5% 40.9% 148 28 89.85% 82.64%
    Homoserine kinase KHSE_ECOLI KHSE_BACSU 281.5 27.8% 47.1% 30 9 92.81% 92.51%

  3. Комментарии к выравниваниям

    4. По результатам выравниваний можно сделать вывод, что SODM_ECOLI и SODM_BACSU являются гомологичными, а пара KHSE_ECOLI и KHSE_BACSU нет, так как процент идентичности меньше 25 (21.3% при глобальном и 27.8% при локальном выравнивании). Пара KHSE_ECOLI и KHSE_BACSU вызывает сомнения так как процент идентичности близок к 25 (26.0% при глобальном и 27.8% при локальном выравнивании). У RIR1_ECOLI и RIR1_BACSU присутствует локальная гомология, о чем говорит низкая идентичность(23.5%) при относительно высоком покрытии (82%). В данном случае локальное выравнивание более информативно, так как только одна пара белков гомологична по всей длине.

  4. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

    5. Algorithm ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
    needle KHSE_ECOLI SODM_BACSU 15.0 0.4% 1.2% 494 2
    water KHSE_ECOLI SODM_BACSU 31.0 20.8% 34.7% 19 3 91.67% 79.17%

    Низкий процент идентичности при глобальном выравнивании исключает вероятность полной гомологии, однако процент идентичности 20.8%, малое количесто гэпов и высокое значения покрытия говорт о возможном наличии гомологичных участков.

  5. Множественное выравнивание белков

    6. Мнемоника: SODM (Superoxide dismutase [Mn]) Всего было найдено 143 белка с такой мнемоникой. Для множественного выравнивания были выбраны: SODM_BACSU, SODM_ECOLI, SODM_HUMAN, SODM_DROME, SODM_RAT, SODM_MOUSE и SODM_CRYNH. Выравнивание делалось на kodomo с помощью одной из установленных программ выравнивания (muscle). Сначала был создан списочный файл (a.txt) со строками

    Затем файл в fasta-формате После этого была запущена программа выравнивания Полученное выравнивание импортируем в Jalview.

    Проект Jalview

    Все семь последовательностей гомологичны, есть 4 выраженных консервативных участка: 29-70, 98-115, 158-185 и 198-230. И 5 менее консервативных участка: 0-27, 71-90, 92-97, 116-130 и 186-194.