Сравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1. Генерация A-, B- и Z-форм ДНК

Полученные файлы в формате PDB:

Задание 2. Сравнение с экспериментальной структурой (3v9d, A-форма)

Для анализа выбрана экспериментальная структура A-формы ДНК 3v9d. В ней рассмотрен тимин в положении 7 на цепи A.

Распределение атомов тимина по бороздкам

Тимин 7 в структуре 3v9d: красные атомы – большая бороздка, синие – малая

Рисунок 1. Остаток тимина в A-форме ДНК. Красным выделены атомы, обращённые в большую бороздку, синим – в малую.

В сторону большой бороздки обращены атомы: [DT]7:A.O4, [DT]7:A.C4, [DT]7:A.C5, [DT]7:A.C7
В сторону малой бороздки обращены атомы: [DT]7:A.N1, [DT]7:A.C2, [DT]7:A.O2
Атомы, не смотрящие ни в одну бороздку: [DT]7:A.N3, [DT]7:A.C6

Сравнительная таблица параметров A-, B- и Z-форм ДНК

Параметр	А-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	26.9	31.6	42.3
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки (Å)	16.8 (A/DC'8/P - B/DT'35/P)	17.21 (A/DT`11/P - B/DT`27/P)	16.08 (A/DT`17/P - A/DT`26/P)
Ширина малой бороздки (Å)	8.6 (A/DT`11/P - B/DC`24/P)	11.7 (A/DT'11/P - B/DA'34/P)	7.2 (A/DG'7/P - B/DG'37/P)

Задание 3. Анализ структуры тРНК (PDB ID: 1EFA)

1. Координаты стеблей (пары нуклеотидов)

Стебли во вторичной структуре тРНК образованы следующими диапазонами нуклеотидов:

Стебель 1: (1–7) — (72–66)
Стебель 2: (49–53) — (65–61)
Стебель 3: (38–44) — (32–26)
Стебель 4: (10–13) — (25–22)

2. Неканонические пары оснований

В структуре обнаружены следующие неканонические пары (не G-C и не A-U):

1	5U – 68G
2	49G – 65U
3	54U – 58A
4	55U – 18G
5	36U – 33U
6	38A – 32C
7	44A – 26G
8	14A – 8U
9	15G – 48C
10	16G – 17U

3. Дополнительные водородные связи, стабилизирующие третичную структуру

16G – 17U
19G – 56C