Практикум 10

1. Поиск гомологов вашего белка в Swiss-Prot

Запросовый белок: A0A097EDX5

Параметры BLAST

• Program: blastp
• Database: swissprot
• Organism: none
• Algorithm: blastp (protein-protein BLAST)
• Expect threshold: 10
• Word size: 6
• Matrix: BLOSUM62
• Gap Costs: Existence: 11, Extension: 1
• Compositional adjustments: Conditional compositional score matrix adjustment
• Filter: Low complexity regions
• Max target sequences: 500
• Short queries: да

Результаты

• Текстовая выдача BLAST: blast_output.txt
• Количество находок: 500
• Отобранные белки (5–7): Q976E9, A0PPA8, Q6LYU4, Q87LP9, Q4FM39, B4T484
• FASTA-файл с находками: ctps_homologs.fasta

Множественное выравнивание и Jalview

• Проект Jalview (.jvp): ctps_homologs.jvp
• Обоснование гомологичности оставленных белков:

  Никакие белки не были удалены, так как все отобранные последовательности показали достаточный уровень идентичности и наличие консервативных мотивов, характерных для CTP-синтаз, что подтверждает их гомологию.

2. Поиск гомологов зрелого вирусного белка

Выбранный полипротеин

• ID: GP_TULV
• AC: P0DTJ1
• Название вируса (OS): Tula orthohantavirus (TULV) (Tula virus)

Выбранный зрелый белок (из поля FT CHAIN)

• Название: Glycoprotein C
• Координаты: 654-1141

Вырезанная последовательность

• FASTA-файл: mature_protein.fasta

Результаты BLAST (без фильтра по организмам)

• Текстовая выдача: blast_viral.txt
• Количество находок: 22
• Файл с последовательностями гомологов: viral_homologs.fasta
• Проект Jalview после редактирования: alignment_viral.jvp

(Удалены все буквы находок левее первой буквы, выровненной с исходным белком)

3. Зависимость E-value от объёма банка

Повторный поиск с фильтром по организмам (Viruses).

• Количество находок: 22
• Изменился ли список находок? Нет - все гомологи зрелого вирусного белка и так являются вирусными белками. К тому же полипротеины в целом характерны почти только для вирусов (в связи с их жизненным циклом и размером).

Сравнение E-value

Оценка доли вирусных белков в Swiss-Prot

E_{с фильтром} / E_{без фильтра} ≈ size_Viruses / size_Swiss-Prot

6 × 10⁻¹³⁹ / 1 × 10⁻¹³⁷ = 0.06

То есть доля вирусных белков в Swiss-Prot составляет примерно 6%.