Практикум 3(4)

Структура в целом

• Какой тип макромолекул представлен?

  Classification: RNA BINDING PROTEIN/RNA

  Представлены РНК и РНК-связывающий белок

• Сколько полимерных цепей присутствует в структуре? Есть ли среди них идентичные по последовательности?

  2 полимерных цепи: белок (Chain A) и РНК (Chain B). Они не идентичны по последовательности.

• Сколько цепей и каких входит в одну биологическую единицу?

  По Biological Assembly это мономерная структура: 1 молекула белка TiaS и 1 молекула тРНК Ile2 (то есть in vivo комплекс из 2х полимерных цепей, за мономер самого комплекса считается одна цепь А, небольшие лиганды не входят в их число).

Отдельные цепи

Цепь 1 (белок)

• К какому организму относится данная макромолекула?

  Archaeoglobus fulgidus

• Укажите uniprot_id, название и функцию данной цепи из базы Uniprot.

  uniprot_id 028025

  tRNA(Ile2) 2-agmatinylcytidine synthetase TiaS (tRNA(Ile²) 2-агматинилцитидинсинтаза TiaS)

  Функция согласно UniProt: АТФ-зависимая агматинтрансфераза, которая катализирует образование 2-агматинилцитидина (agm²C) в положении "качания" (C34) тРНК(Ile²), изменяя кодоновую специфичность с AUG на AUA.

• Есть ли мутации в последовательности относительно референса из Uniprot?

  Белок в структуре 3AMU был рекомбинантно экспрессирован в Escherichia coli, из-за чего в начале он имеет экспрессионную метку из 20 аминокислот (записи SEQADV относительно 028025). Мутаций как таковых в 3AMU нет.



Гистидин на N-конце, оставшийся после удаления экспрессионной метки.

• Есть ли в составе цепи модифицированные аминокислотные остатки? Если да — найдите соответствующие строки в файле pdb и сохраните их в новый файл. Дайте ссылку на него в отчёте.

  Да, остаток 18, TPO (фосфотреонин) из THR (треонин). Связан с цистеином 17 и с треонином 19. Прилагаю соответствующие строки из файла PDB.



Малая молекула фосфотреонина.

Цепь 2 (РНК)

Цепь B: тРНК Ile2.

• К какому организму относится данная макромолекула?

  Archaeoglobus fulgidus

• Укажите uniprot_id, название и функцию данной цепи из базы Uniprot.

  Нет в Uniprot.

• Есть ли мутации в последовательности относительно референса из Uniprot?

  Нет в Uniprot.

• Есть ли в составе цепи модифицированные аминокислотные остатки? Если да — найдите соответствующие строки в файле pdb и сохраните их в новый файл. Дайте ссылку на него в отчёте.

  РНК не содержит аминокислот.

Малые молекулы

Малые молекулы AG2 и APC.

• Какие малые молекулы присутствуют в записи? Для каждого типа малых молекул укажите краткое (3 символа) и полное (Name) наименование.

  3 типа малых молекул:

  APC (DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER);

  AG2 (AGMATINE);

  TPO (PHOSPHOTHREONINE).

• Для каждого типа малых молекул найдите соответствующие строки в файле pdb и сохраните их в новый файл. Дайте ссылку на него в отчёте.

  Файл с информацией о малых молекулах: название, формула, пространственное положение, связи.

• На доп. баллы: обратитесь к статье, описывающей получение данной структуры. Какую функцию несут представленные в структуре малые молекулы? Связаны ли они с выполнением функции белка и его расположением в клетке или были добавлены искусственно в процессе получения структуры?

  Агматин - субстрат реакции, обязателен для прохождения реакции.

  APC - негидролизуемый аналог АТФ, второй субстрат реакции, был специально использован вместо АТФ для остановки реакции на её определённой стадии.

  Фосфотреонин - содержащийся в белке автофосфорилированный остаток треонина, несёт регуляторную биологическую функцию.



Агматин и аминокислотные остатки белка на расстоянии до 5 ангстрем от агматина.