| № | Текст скрипта |
Комментарий |
| 1 | FobicCore.spt |
Гидрофобное ядро выбрано одно из трёх найденных, поскольку число его атомов многократно превосходит оное в двух других ядрах и равно 3800 атомам, что из 6776 атомов макромолекулы составляет 56,08% |
| 2 | FobicCoreTyr.spt |
На модели экспериментально установлена плотность упаковки атомов в молекуле белка: на расстоянии 5Å и более молекула крупного АК-остатка Тирозина полностью скрывается из виду за окружающими её соседями. Однако большая часть скрывающих её атомов появляются на расстоянии 4Å. Молекула воды, чей Ван-дер-Ваальсов радиус определяется радиусом кислорода и равен 1,4Å, не способна при диаметре 3Å поместиться при такой плотности расположения атомов между тирозином и его окружением, поскольку расстояние в 4Å между центрами атомов подразумевает наличие ещё и радиусов этих атомов. |
| 3 | DNAComplex.spt |
Белки связываются с ДНК в целях упаковать её надлежащим образом для трансляции или, наоборот, запрета на неё. Хроматин представляет собой ДНК в комплексе с белками-гистонами. Ядра вирионов семейства герпес-вирусов окружены белковым икосаэдрическим капсидом, связанным с ДНК в комплекс и защищающим её. Белки-репрессоры и активаторы также связываются с ДНК, образуя временные или постоянные комплексы. |