Водородные связи. Подвижность белкаТекстовое описание:
В ходе практикума демонстрируются водородные связи между белком и ДНК, а также подвижность альфа-атомов углерода в молекуле белка при проведении ЯМР-анализа.
|
| № | Текст скрипта | Комментарий |
| 1 | hbonds.spt | Водородные связи в представленном участке количеством 12 связей способствуют упаковке молекулы белка, то есть созданию её пространственной конфигурации. В нескольких местах молекула белка подходит близко к молекуле ДНК, но водородных связей по расчётам jMol'a там не образовано. Исследовались АК-остатки и нуклеотиды на расстоянии от 3 до 6 ангстрем, выше 6 ангстрем новых водородных связей между белком и ДНК не высчитывается, хотя конформность обеих молекул на них намекает. Возможно, метод выделения или метод подсчёта связей некорректен. |
| 2 | AlphaMobility9.spt | В полученном файле 40 моделей, максимальные расстояния были достигнуты на концах молекулы (110,65 А), минимальные - в середине (1,84А). Следовательно, максимальной подвижностью обладают концевые части молекулы. Наиболее часто в списке максимальных расстояний появлялись атомы 39-ой модели - возможно, есть небольшая погрешность измерений. |