******************************************************************************** MEME - Motif discovery tool ******************************************************************************** MEME version 4.11.2 (Release date: Thu May 05 14:58:55 2016 -0700) For further information on how to interpret these results or to get a copy of the MEME software please access http://meme-suite.org . This file may be used as input to the MAST algorithm for searching sequence databases for matches to groups of motifs. MAST is available for interactive use and downloading at http://meme-suite.org . ******************************************************************************** ******************************************************************************** REFERENCE ******************************************************************************** If you use this program in your research, please cite: Timothy L. Bailey and Charles Elkan, "Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers", Proceedings of the Second International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pp. 28-36, AAAI Press, Menlo Park, California, 1994. ******************************************************************************** ******************************************************************************** TRAINING SET ******************************************************************************** DATAFILE= select16.fasta ALPHABET= ACGT Sequence name Weight Length Sequence name Weight Length ------------- ------ ------ ------------- ------ ------ Deinococcus.fasta_1182_1 1.0000 17 Deinococcus.fasta_3268_3 1.0000 17 Deinococcus.fasta_3396_3 1.0000 17 Deinococcus.fasta_4362_4 1.0000 17 Deinococcus.fasta_19242_ 1.0000 17 Deinococcus.fasta_22747_ 1.0000 17 Deinococcus.fasta_27968_ 1.0000 17 Deinococcus.fasta_28024_ 1.0000 17 Deinococcus.fasta_29780_ 1.0000 17 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spfuzz= 0.5 global: substring= yes branching= no wbranch= no em: prior= dirichlet b= 0.01 maxiter= 50 distance= 1e-05 data: n= 10302 N= 606 shuffle= -1 strands: + sample: seed= 0 ctfrac= -1 maxwords= -1 Letter frequencies in dataset: A 0.219 C 0.304 G 0.307 T 0.170 Background letter frequencies (from dataset with add-one prior applied): A 0.219 C 0.304 G 0.307 T 0.170 ******************************************************************************** ******************************************************************************** MOTIF 1 MEME width = 10 sites = 50 llr = 440 E-value = 2.6e-048 ******************************************************************************** -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 Description -------------------------------------------------------------------------------- Simplified A ::a:5:::1: pos.-specific C 9::54a:256 probability G :::21::734 matrix T 1a:3::a12: bits 2.6 * * 2.3 ** * 2.0 ** * 1.8 ** ** Relative 1.5 ** ** Entropy 1.3 *** ** (12.7 bits) 1.0 *** ** 0.8 *** *** 0.5 ******** * 0.3 ********** 0.0 ---------- Multilevel CTACACTGCC consensus TC CGG sequence G -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 sites sorted by position p-value -------------------------------------------------------------------------------- Sequence name Start P-value Site ------------- ----- --------- ---------- Deinococcus.fasta_228325 3 1.72e-06 GC CTACACTGCC CGCGA Deinococcus.fasta_129480 3 1.72e-06 CT CTACACTGCC CGCCG Deinococcus.fasta_192206 3 3.20e-06 CG CTATCCTGCC TGGCA Deinococcus.fasta_968953 4 3.20e-06 CCT CTATCCTGCC CCCA Deinococcus.fasta_261713 3 6.82e-06 CC CTACACTGCG GAGCA Deinococcus.fasta_115564 3 6.82e-06 CT CTACACTGCG GAGCG Deinococcus.fasta_845149 3 6.82e-06 CT CTACCCTGCC CGGCA Deinococcus.fasta_820040 1 6.82e-06 . CTACACTGCG CCAAAGG Deinococcus.fasta_373236 3 6.82e-06 GC CTACACTGCG CGGTA Deinococcus.fasta_152547 4 6.82e-06 CCC CTACACTGCG GCCA Deinococcus.fasta_60552_ 4 8.56e-06 GCC CTACACTGTC CTGA Deinococcus.fasta_225179 4 1.44e-05 CCG CTAGACTGCC GACA Deinococcus.fasta_132882 3 1.44e-05 TG CTACCCTGCG CCCCA Deinococcus.fasta_139947 4 2.16e-05 CCA CTACACTCCC CCTA Deinococcus.fasta_129590 4 2.16e-05 GCG CTATCCTGGG GAGA Deinococcus.fasta_196846 3 2.48e-05 TG CTAGCCTGCC CCCAA Deinococcus.fasta_186363 1 2.48e-05 . CTAGCCTGCC CGCACTA Deinococcus.fasta_637438 4 2.48e-05 CCG CTAGCCTGCC CCCA Deinococcus.fasta_241623 3 3.07e-05 CG CTACCCTGGG GCGCG Deinococcus.fasta_580214 2 3.25e-05 C CTATACTCGC GAACGA Deinococcus.fasta_27968_ 2 3.25e-05 G CTACACTGAC CCCTTA Deinococcus.fasta_219765 2 4.13e-05 T CTATACTTCC CCCTCG Deinococcus.fasta_246078 4 5.44e-05 CCG CTATCCTCTC TCCA Deinococcus.fasta_235038 1 5.44e-05 . CTATACTGCT GCGGTTA Deinococcus.fasta_214230 4 5.44e-05 CGC CTATCCTCTC CCCA Deinococcus.fasta_175765 3 5.44e-05 GC CTATCCTCTC CCCCA Deinococcus.fasta_100947 4 5.86e-05 CGC TTACCCTGCC TCCA Deinococcus.fasta_215332 5 6.66e-05 GGCG CTATGCTGCG TTT Deinococcus.fasta_185336 4 6.66e-05 CCC CTACACTCGG CAGA Deinococcus.fasta_178732 3 6.66e-05 CG CTACACTCTG AGCCA Deinococcus.fasta_141055 4 6.66e-05 CCA TTACACTGGC GCGG Deinococcus.fasta_299577 3 6.66e-05 CT CTACCCTCTC CCCTA Deinococcus.fasta_136005 4 7.14e-05 CCC CTATGCTGGC GGCG Deinococcus.fasta_500313 4 7.14e-05 GCA CTAGCCTGGG AGCA Deinococcus.fasta_371527 3 7.14e-05 GC CTATACTTGC CGTTA Deinococcus.fasta_336615 4 7.14e-05 CTG CTAGCCTGGG GGCA Deinococcus.fasta_200528 3 7.95e-05 TG CTACCCTGAG ACGCA Deinococcus.fasta_133780 3 7.95e-05 CG CTACACTTCG CTGCA Deinococcus.fasta_861368 3 7.95e-05 CC CTATCCTCGG GCACA Deinococcus.fasta_19242_ 3 7.95e-05 GG CTATCCTGCT CGGCA Deinococcus.fasta_236868 4 8.80e-05 ACG TTAGACTGCC GCCA Deinococcus.fasta_188513 1 8.80e-05 . CTATACTCAC TCCCATA Deinococcus.fasta_172833 3 9.62e-05 CT TTACCCTGGC TGCCA Deinococcus.fasta_110901 3 9.62e-05 CC TTACACTGGG CCGCA Deinococcus.fasta_803067 4 9.62e-05 GGG CTAGACTCGC CGCA Deinococcus.fasta_483374 2 1.01e-04 T CTATGCTGTG CAGGTA Deinococcus.fasta_150557 3 1.07e-04 CG CTAGCCTGAC CCTCA Deinococcus.fasta_273975 4 1.07e-04 CCG CTAGGCTGCC GCCA Deinococcus.fasta_220208 3 1.18e-04 TA CTACGCTGGG TCTCA Deinococcus.fasta_946860 2 2.68e-04 C GTATCCTGTC CGGCGA -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 block diagrams -------------------------------------------------------------------------------- SEQUENCE NAME POSITION P-VALUE MOTIF DIAGRAM ------------- ---------------- ------------- Deinococcus.fasta_228325 1.7e-06 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_129480 1.7e-06 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_192206 3.2e-06 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_968953 3.2e-06 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_261713 6.8e-06 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_115564 6.8e-06 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_845149 6.8e-06 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_820040 6.8e-06 [+1]_7 Deinococcus.fasta_373236 6.8e-06 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_152547 6.8e-06 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_60552_ 8.6e-06 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_225179 1.4e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_132882 1.4e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_139947 2.2e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_129590 2.2e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_196846 2.5e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_186363 2.5e-05 [+1]_7 Deinococcus.fasta_637438 2.5e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_241623 3.1e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_580214 3.3e-05 1_[+1]_6 Deinococcus.fasta_27968_ 3.3e-05 1_[+1]_6 Deinococcus.fasta_219765 4.1e-05 1_[+1]_6 Deinococcus.fasta_246078 5.4e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_235038 5.4e-05 [+1]_7 Deinococcus.fasta_214230 5.4e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_175765 5.4e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_100947 5.9e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_215332 6.7e-05 4_[+1]_3 Deinococcus.fasta_185336 6.7e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_178732 6.7e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_141055 6.7e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_299577 6.7e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_136005 7.1e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_500313 7.1e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_371527 7.1e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_336615 7.1e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_200528 7.9e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_133780 7.9e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_861368 7.9e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_19242_ 7.9e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_236868 8.8e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_188513 8.8e-05 [+1]_7 Deinococcus.fasta_172833 9.6e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_110901 9.6e-05 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_803067 9.6e-05 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_483374 0.0001 1_[+1]_6 Deinococcus.fasta_150557 0.00011 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_273975 0.00011 3_[+1]_4 Deinococcus.fasta_220208 0.00012 2_[+1]_5 Deinococcus.fasta_946860 0.00027 1_[+1]_6 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 in BLOCKS format -------------------------------------------------------------------------------- BL MOTIF 1 width=10 seqs=50 Deinococcus.fasta_228325 ( 3) CTACACTGCC 1 Deinococcus.fasta_129480 ( 3) CTACACTGCC 1 Deinococcus.fasta_192206 ( 3) CTATCCTGCC 1 Deinococcus.fasta_968953 ( 4) CTATCCTGCC 1 Deinococcus.fasta_261713 ( 3) CTACACTGCG 1 Deinococcus.fasta_115564 ( 3) CTACACTGCG 1 Deinococcus.fasta_845149 ( 3) CTACCCTGCC 1 Deinococcus.fasta_820040 ( 1) CTACACTGCG 1 Deinococcus.fasta_373236 ( 3) CTACACTGCG 1 Deinococcus.fasta_152547 ( 4) CTACACTGCG 1 Deinococcus.fasta_60552_ ( 4) CTACACTGTC 1 Deinococcus.fasta_225179 ( 4) CTAGACTGCC 1 Deinococcus.fasta_132882 ( 3) CTACCCTGCG 1 Deinococcus.fasta_139947 ( 4) CTACACTCCC 1 Deinococcus.fasta_129590 ( 4) CTATCCTGGG 1 Deinococcus.fasta_196846 ( 3) CTAGCCTGCC 1 Deinococcus.fasta_186363 ( 1) CTAGCCTGCC 1 Deinococcus.fasta_637438 ( 4) CTAGCCTGCC 1 Deinococcus.fasta_241623 ( 3) CTACCCTGGG 1 Deinococcus.fasta_580214 ( 2) CTATACTCGC 1 Deinococcus.fasta_27968_ ( 2) CTACACTGAC 1 Deinococcus.fasta_219765 ( 2) CTATACTTCC 1 Deinococcus.fasta_246078 ( 4) CTATCCTCTC 1 Deinococcus.fasta_235038 ( 1) CTATACTGCT 1 Deinococcus.fasta_214230 ( 4) CTATCCTCTC 1 Deinococcus.fasta_175765 ( 3) CTATCCTCTC 1 Deinococcus.fasta_100947 ( 4) TTACCCTGCC 1 Deinococcus.fasta_215332 ( 5) CTATGCTGCG 1 Deinococcus.fasta_185336 ( 4) CTACACTCGG 1 Deinococcus.fasta_178732 ( 3) CTACACTCTG 1 Deinococcus.fasta_141055 ( 4) TTACACTGGC 1 Deinococcus.fasta_299577 ( 3) CTACCCTCTC 1 Deinococcus.fasta_136005 ( 4) CTATGCTGGC 1 Deinococcus.fasta_500313 ( 4) CTAGCCTGGG 1 Deinococcus.fasta_371527 ( 3) CTATACTTGC 1 Deinococcus.fasta_336615 ( 4) CTAGCCTGGG 1 Deinococcus.fasta_200528 ( 3) CTACCCTGAG 1 Deinococcus.fasta_133780 ( 3) CTACACTTCG 1 Deinococcus.fasta_861368 ( 3) CTATCCTCGG 1 Deinococcus.fasta_19242_ ( 3) CTATCCTGCT 1 Deinococcus.fasta_236868 ( 4) TTAGACTGCC 1 Deinococcus.fasta_188513 ( 1) CTATACTCAC 1 Deinococcus.fasta_172833 ( 3) TTACCCTGGC 1 Deinococcus.fasta_110901 ( 3) TTACACTGGG 1 Deinococcus.fasta_803067 ( 4) CTAGACTCGC 1 Deinococcus.fasta_483374 ( 2) CTATGCTGTG 1 Deinococcus.fasta_150557 ( 3) CTAGCCTGAC 1 Deinococcus.fasta_273975 ( 4) CTAGGCTGCC 1 Deinococcus.fasta_220208 ( 3) CTACGCTGGG 1 Deinococcus.fasta_946860 ( 2) GTATCCTGTC 1 // -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 position-specific scoring matrix -------------------------------------------------------------------------------- log-odds matrix: alength= 4 w= 10 n= 4848 bayes= 6.58436 E= 2.6e-048 -1229 153 -394 -76 -1229 -1229 -1229 256 219 -1229 -1229 -1229 -1229 60 -62 100 107 53 -162 -1229 -1229 172 -1229 -1229 -1229 -1229 -1229 256 -1229 -47 123 -150 -145 66 -13 -8 -1229 93 31 -208 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 position-specific probability matrix -------------------------------------------------------------------------------- letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 50 E= 2.6e-048 0.000000 0.880000 0.020000 0.100000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.460000 0.200000 0.340000 0.460000 0.440000 0.100000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.220000 0.720000 0.060000 0.080000 0.480000 0.280000 0.160000 0.000000 0.580000 0.380000 0.040000 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 regular expression -------------------------------------------------------------------------------- CTA[CTG][AC]CT[GC][CG][CG] -------------------------------------------------------------------------------- Time 11.44 secs. ******************************************************************************** ******************************************************************************** MOTIF 2 MEME width = 10 sites = 48 llr = 383 E-value = 9.9e-028 ******************************************************************************** -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 Description -------------------------------------------------------------------------------- Simplified A 66::a:153: pos.-specific C 43::::2449 probability G ::aa:a6:1: matrix T :1:::::121 bits 2.6 2.3 * 2.0 * 1.8 **** Relative 1.5 **** Entropy 1.3 **** * (11.5 bits) 1.0 * **** * 0.8 ****** * 0.5 ****** * * 0.3 ********** 0.0 ---------- Multilevel AAGGAGGACC consensus CC CCA sequence T -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 sites sorted by position p-value -------------------------------------------------------------------------------- Sequence name Start P-value Site ------------- ----- --------- ---------- Deinococcus.fasta_111581 1 4.30e-06 . AAGGAGGAAC ACAACCA Deinococcus.fasta_148734 4 5.77e-06 CCA AAGGAGGCTC CCGG Deinococcus.fasta_160878 4 1.17e-05 CAA AAGGAGGCAC CCTA Deinococcus.fasta_714710 5 1.81e-05 TCCG AAGGAGCATC AAA Deinococcus.fasta_128822 6 2.46e-05 TTTCA AAGGAGCAAC CA Deinococcus.fasta_114157 6 2.46e-05 TTTTA AAGGAGCAAC CA Deinococcus.fasta_652983 6 2.46e-05 CGCCC AAGGAGAATC TA Deinococcus.fasta_243639 6 2.90e-05 ACCTG AAGGAGAACC TT Deinococcus.fasta_209637 7 2.90e-05 CATATC AAGGAGAACC A Deinococcus.fasta_174429 2 2.90e-05 C AAGGAGGATT TACCCA Deinococcus.fasta_113267 5 2.90e-05 GCTT AAGGAGAACC CCA Deinococcus.fasta_167333 5 3.53e-05 TTCA ACGGAGGAAC CCA Deinococcus.fasta_109083 1 3.53e-05 . ACGGAGGACC CCAACCA Deinococcus.fasta_202687 3 3.72e-05 GT AAGGAGGAGC AAAGA Deinococcus.fasta_181326 4 3.72e-05 CAA AAGGAGGAGC ACCA Deinococcus.fasta_952096 2 3.93e-05 T CAGGAGGCTC TATTCA Deinococcus.fasta_944015 3 4.55e-05 GA CAGGAGGCAC ACAGA Deinococcus.fasta_262931 4 5.59e-05 CCG CAGGAGGTTC GCAG Deinococcus.fasta_213108 5 5.59e-05 AAAT CAGGAGGTTC CAG Deinococcus.fasta_104329 6 5.59e-05 CTCTG AAGGAGCCCC TA Deinococcus.fasta_829549 5 5.59e-05 CTCC AAGGAGCCCC GCA Deinococcus.fasta_828157 4 5.59e-05 TTA AAGGAGACTC ACCA Deinococcus.fasta_149846 4 5.59e-05 ACG AAGGAGCCAC GCAA Deinococcus.fasta_233777 6 7.35e-05 CGCCC CAGGAGCACC CA Deinococcus.fasta_225852 6 7.35e-05 CCCAA AAGGAGACCC CA Deinococcus.fasta_180199 7 8.92e-05 AGCCAA AAGGAGCTTC A Deinococcus.fasta_151689 4 1.04e-04 CTC AAGGAGGCGC CCCA Deinococcus.fasta_111786 3 1.04e-04 AC CCGGAGGACC TGCAA Deinococcus.fasta_153158 6 1.12e-04 TTAGG CAGGAGGAGC TG Deinococcus.fasta_618216 3 1.24e-04 TC AAGGAGCAAT CACAA Deinococcus.fasta_236126 6 1.40e-04 CTTAC ACGGAGGAAT CA Deinococcus.fasta_235273 5 1.68e-04 ACTG CTGGAGGAAC ACA Deinococcus.fasta_296867 3 1.68e-04 TA CTGGAGGACC CCCCA Deinococcus.fasta_225554 3 1.83e-04 CC CCGGAGGCCC ACCCA Deinococcus.fasta_175909 4 1.83e-04 CCC CCGGAGGCCC CCAA Deinococcus.fasta_150989 4 1.83e-04 CCG CCGGAGGCAC TGCA Deinococcus.fasta_826234 6 1.83e-04 TTTCC CCGGAGGCCC CA Deinococcus.fasta_143075 7 2.01e-04 CATTCA AAGGAGCCTT A Deinococcus.fasta_122299 3 2.01e-04 GG CAGGAGGCGC GGCTG Deinococcus.fasta_690669 3 2.01e-04 GA ATGGAGGTCC AAGCA Deinococcus.fasta_161747 5 2.51e-04 CTGA CCGGAGGTCC CCA Deinococcus.fasta_182992 5 2.51e-04 TCCA ACGGAGACAC CCA Deinococcus.fasta_145857 1 2.89e-04 . CCGGAGGAAT CCCGCCT Deinococcus.fasta_456843 4 2.89e-04 CCC CCGGAGGACT GCTA Deinococcus.fasta_134249 6 3.06e-04 TCTCA ACGGAGCATT CA Deinococcus.fasta_127042 3 3.38e-04 AC AAGGAGGGCC GACCA Deinococcus.fasta_87790_ 4 3.57e-04 TCT CTGGAGGTCC GAAA Deinococcus.fasta_128430 6 4.01e-04 CTTCC AAGGAGTTCC CA -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 block diagrams -------------------------------------------------------------------------------- SEQUENCE NAME POSITION P-VALUE MOTIF DIAGRAM ------------- ---------------- ------------- Deinococcus.fasta_111581 4.3e-06 [+2]_7 Deinococcus.fasta_148734 5.8e-06 3_[+2]_4 Deinococcus.fasta_160878 1.2e-05 3_[+2]_4 Deinococcus.fasta_714710 1.8e-05 4_[+2]_3 Deinococcus.fasta_128822 2.5e-05 5_[+2]_2 Deinococcus.fasta_114157 2.5e-05 5_[+2]_2 Deinococcus.fasta_652983 2.5e-05 5_[+2]_2 Deinococcus.fasta_243639 2.9e-05 5_[+2]_2 Deinococcus.fasta_209637 2.9e-05 6_[+2]_1 Deinococcus.fasta_174429 2.9e-05 1_[+2]_6 Deinococcus.fasta_113267 2.9e-05 4_[+2]_3 Deinococcus.fasta_167333 3.5e-05 4_[+2]_3 Deinococcus.fasta_109083 3.5e-05 [+2]_7 Deinococcus.fasta_202687 3.7e-05 2_[+2]_5 Deinococcus.fasta_181326 3.7e-05 3_[+2]_4 Deinococcus.fasta_952096 3.9e-05 1_[+2]_6 Deinococcus.fasta_944015 4.6e-05 2_[+2]_5 Deinococcus.fasta_262931 5.6e-05 3_[+2]_4 Deinococcus.fasta_213108 5.6e-05 4_[+2]_3 Deinococcus.fasta_104329 5.6e-05 5_[+2]_2 Deinococcus.fasta_829549 5.6e-05 4_[+2]_3 Deinococcus.fasta_828157 5.6e-05 3_[+2]_4 Deinococcus.fasta_149846 5.6e-05 3_[+2]_4 Deinococcus.fasta_233777 7.3e-05 5_[+2]_2 Deinococcus.fasta_225852 7.3e-05 5_[+2]_2 Deinococcus.fasta_180199 8.9e-05 6_[+2]_1 Deinococcus.fasta_151689 0.0001 3_[+2]_4 Deinococcus.fasta_111786 0.0001 2_[+2]_5 Deinococcus.fasta_153158 0.00011 5_[+2]_2 Deinococcus.fasta_618216 0.00012 2_[+2]_5 Deinococcus.fasta_236126 0.00014 5_[+2]_2 Deinococcus.fasta_235273 0.00017 4_[+2]_3 Deinococcus.fasta_296867 0.00017 2_[+2]_5 Deinococcus.fasta_225554 0.00018 2_[+2]_5 Deinococcus.fasta_175909 0.00018 3_[+2]_4 Deinococcus.fasta_150989 0.00018 3_[+2]_4 Deinococcus.fasta_826234 0.00018 5_[+2]_2 Deinococcus.fasta_143075 0.0002 6_[+2]_1 Deinococcus.fasta_122299 0.0002 2_[+2]_5 Deinococcus.fasta_690669 0.0002 2_[+2]_5 Deinococcus.fasta_161747 0.00025 4_[+2]_3 Deinococcus.fasta_182992 0.00025 4_[+2]_3 Deinococcus.fasta_145857 0.00029 [+2]_7 Deinococcus.fasta_456843 0.00029 3_[+2]_4 Deinococcus.fasta_134249 0.00031 5_[+2]_2 Deinococcus.fasta_127042 0.00034 2_[+2]_5 Deinococcus.fasta_87790_ 0.00036 3_[+2]_4 Deinococcus.fasta_128430 0.0004 5_[+2]_2 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 in BLOCKS format -------------------------------------------------------------------------------- BL MOTIF 2 width=10 seqs=48 Deinococcus.fasta_111581 ( 1) AAGGAGGAAC 1 Deinococcus.fasta_148734 ( 4) AAGGAGGCTC 1 Deinococcus.fasta_160878 ( 4) AAGGAGGCAC 1 Deinococcus.fasta_714710 ( 5) AAGGAGCATC 1 Deinococcus.fasta_128822 ( 6) AAGGAGCAAC 1 Deinococcus.fasta_114157 ( 6) AAGGAGCAAC 1 Deinococcus.fasta_652983 ( 6) AAGGAGAATC 1 Deinococcus.fasta_243639 ( 6) AAGGAGAACC 1 Deinococcus.fasta_209637 ( 7) AAGGAGAACC 1 Deinococcus.fasta_174429 ( 2) AAGGAGGATT 1 Deinococcus.fasta_113267 ( 5) AAGGAGAACC 1 Deinococcus.fasta_167333 ( 5) ACGGAGGAAC 1 Deinococcus.fasta_109083 ( 1) ACGGAGGACC 1 Deinococcus.fasta_202687 ( 3) AAGGAGGAGC 1 Deinococcus.fasta_181326 ( 4) AAGGAGGAGC 1 Deinococcus.fasta_952096 ( 2) CAGGAGGCTC 1 Deinococcus.fasta_944015 ( 3) CAGGAGGCAC 1 Deinococcus.fasta_262931 ( 4) CAGGAGGTTC 1 Deinococcus.fasta_213108 ( 5) CAGGAGGTTC 1 Deinococcus.fasta_104329 ( 6) AAGGAGCCCC 1 Deinococcus.fasta_829549 ( 5) AAGGAGCCCC 1 Deinococcus.fasta_828157 ( 4) AAGGAGACTC 1 Deinococcus.fasta_149846 ( 4) AAGGAGCCAC 1 Deinococcus.fasta_233777 ( 6) CAGGAGCACC 1 Deinococcus.fasta_225852 ( 6) AAGGAGACCC 1 Deinococcus.fasta_180199 ( 7) AAGGAGCTTC 1 Deinococcus.fasta_151689 ( 4) AAGGAGGCGC 1 Deinococcus.fasta_111786 ( 3) CCGGAGGACC 1 Deinococcus.fasta_153158 ( 6) CAGGAGGAGC 1 Deinococcus.fasta_618216 ( 3) AAGGAGCAAT 1 Deinococcus.fasta_236126 ( 6) ACGGAGGAAT 1 Deinococcus.fasta_235273 ( 5) CTGGAGGAAC 1 Deinococcus.fasta_296867 ( 3) CTGGAGGACC 1 Deinococcus.fasta_225554 ( 3) CCGGAGGCCC 1 Deinococcus.fasta_175909 ( 4) CCGGAGGCCC 1 Deinococcus.fasta_150989 ( 4) CCGGAGGCAC 1 Deinococcus.fasta_826234 ( 6) CCGGAGGCCC 1 Deinococcus.fasta_143075 ( 7) AAGGAGCCTT 1 Deinococcus.fasta_122299 ( 3) CAGGAGGCGC 1 Deinococcus.fasta_690669 ( 3) ATGGAGGTCC 1 Deinococcus.fasta_161747 ( 5) CCGGAGGTCC 1 Deinococcus.fasta_182992 ( 5) ACGGAGACAC 1 Deinococcus.fasta_145857 ( 1) CCGGAGGAAT 1 Deinococcus.fasta_456843 ( 4) CCGGAGGACT 1 Deinococcus.fasta_134249 ( 6) ACGGAGCATT 1 Deinococcus.fasta_127042 ( 3) AAGGAGGGCC 1 Deinococcus.fasta_87790_ ( 4) CTGGAGGTCC 1 Deinococcus.fasta_128430 ( 6) AAGGAGTTCC 1 // -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 position-specific scoring matrix -------------------------------------------------------------------------------- log-odds matrix: alength= 4 w= 10 n= 4848 bayes= 7.75107 E= 9.9e-028 151 30 -1223 -1223 156 -17 -1223 -103 -1223 -1223 170 -1223 -1223 -1223 170 -1223 219 -1223 -1223 -1223 -1223 -1223 170 -1223 -59 -41 98 -302 113 22 -388 -22 30 38 -156 43 -1223 149 -1223 -22 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 position-specific probability matrix -------------------------------------------------------------------------------- letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 48 E= 9.9e-028 0.625000 0.375000 0.000000 0.000000 0.645833 0.270833 0.000000 0.083333 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.145833 0.229167 0.604167 0.020833 0.479167 0.354167 0.020833 0.145833 0.270833 0.395833 0.104167 0.229167 0.000000 0.854167 0.000000 0.145833 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 regular expression -------------------------------------------------------------------------------- [AC][AC]GGAG[GC][AC][CAT]C -------------------------------------------------------------------------------- Time 22.26 secs. ******************************************************************************** ******************************************************************************** MOTIF 3 MEME width = 10 sites = 50 llr = 364 E-value = 1.3e-017 ******************************************************************************** -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 Description -------------------------------------------------------------------------------- Simplified A :a14:::21: pos.-specific C ::32a:3357 probability G ::33::6432 matrix T a:31:a1211 bits 2.6 * * 2.3 ** * 2.0 ** * 1.8 ** * Relative 1.5 ** ** Entropy 1.3 ** ** (10.5 bits) 1.0 ** ** 0.8 ** ** * 0.5 ** *** * 0.3 ** **** ** 0.0 ---------- Multilevel TAGACTGGCC consensus CG CCGG sequence T -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 sites sorted by position p-value -------------------------------------------------------------------------------- Sequence name Start P-value Site ------------- ----- --------- ---------- Deinococcus.fasta_188011 1 1.42e-05 . TAGACTGCCC GGCGATA Deinococcus.fasta_133016 5 1.42e-05 CGCT TATGCTGGGC CGG Deinococcus.fasta_259080 2 2.60e-05 T TATGCTGACC GCAAGA Deinococcus.fasta_171317 1 2.60e-05 . TACACTGACC GGCGCTA Deinococcus.fasta_187368 5 3.15e-05 GCCG TAGACTCGCC GCA Deinococcus.fasta_189947 4 3.91e-05 GGG TACACTCGCC TCCA Deinococcus.fasta_257035 5 4.82e-05 CCCG TAAACTGCCC GAA Deinococcus.fasta_207982 5 4.82e-05 CCCG TAGGCTGGGC GGG Deinococcus.fasta_229748 4 5.87e-05 CGC TAGACTTGCC CTTA Deinococcus.fasta_177604 3 5.87e-05 GG TACGCTGGGC ACACA Deinococcus.fasta_139404 1 5.87e-05 . TAGACTCGGC CCCGTTG Deinococcus.fasta_385963 5 5.87e-05 GGAC TAAACTGACC GCA Deinococcus.fasta_108159 5 8.67e-05 GCGC TAGACTTTCC GCA Deinococcus.fasta_176979 5 1.01e-04 GGCG TATTCTGCCC CCA Deinococcus.fasta_155917 1 1.01e-04 . TAGACTGTCG GTACACA Deinococcus.fasta_135554 5 1.01e-04 CGCT TACACTCTGC GAA Deinococcus.fasta_745711 5 1.01e-04 CCCG TATCCTGCGC GGA Deinococcus.fasta_622054 5 1.01e-04 ACGC TATGCTTTCC CCA Deinococcus.fasta_219180 2 1.40e-04 G TAAGCTGCCC GGCATA Deinococcus.fasta_217573 3 1.40e-04 GC TACGCTGAGC GGCGA Deinococcus.fasta_203444 4 1.40e-04 TCT TATGCTGGGG CGCA Deinococcus.fasta_157438 4 1.40e-04 GCG TAGCCTGCCC GGCA Deinococcus.fasta_168588 3 1.66e-04 CC TATACTCGTC CCCGA Deinococcus.fasta_203474 5 2.11e-04 GTGC TAGCCTCGCC GCA Deinococcus.fasta_183331 4 2.11e-04 CAG TACACTCGAC CAAA Deinococcus.fasta_139943 1 2.11e-04 . TACACTTCGC TGCGAGA Deinococcus.fasta_114475 5 2.11e-04 GGCG TAAGCTGCGC GGG Deinococcus.fasta_782443 5 2.11e-04 CTGC TAGCCTCGCC TCA Deinococcus.fasta_406739 5 2.11e-04 CCCT TATGCTTCGC TCA Deinococcus.fasta_233099 4 2.39e-04 CTC TACTCTGCCC GGCA Deinococcus.fasta_125311 4 2.39e-04 TGT TACCCTCGCC CCCA Deinococcus.fasta_222397 4 3.01e-04 GCG TAGACTGGAG CCCA Deinococcus.fasta_164927 4 3.34e-04 GGC TATGCTGGAG GTCA Deinococcus.fasta_440781 1 3.34e-04 . TACACTCCAC CTGACTG Deinococcus.fasta_132144 5 3.66e-04 CGTA TAAGCTGTAC TCA Deinococcus.fasta_937122 2 3.66e-04 G TACCCTGGCG GCACAA Deinococcus.fasta_287229 4 3.66e-04 GGG TATTCTGGGG ATTA Deinococcus.fasta_245046 4 3.98e-04 GGG TATACTCCCT TCCA Deinococcus.fasta_133241 3 3.98e-04 CC TATGCTCTGG GCCGA Deinococcus.fasta_233524 5 4.34e-04 TTTC TACACTTGGG CGG Deinococcus.fasta_218381 5 4.34e-04 CCGC TAGGCTGAGG CCA Deinococcus.fasta_169966 4 4.34e-04 CCT TAAACTGTCT CTCA Deinococcus.fasta_636757 5 4.34e-04 CCCG TAGGCTGAGG GCA Deinococcus.fasta_176470 4 4.34e-04 CCT TAAACTGTCT TCCG Deinococcus.fasta_519833 5 4.78e-04 GGGG TACGCTGAGG GCA Deinococcus.fasta_99252_ 5 4.78e-04 CGCC TAGCCTGAAC GCA Deinococcus.fasta_119344 5 5.16e-04 CGCC TATTCTCGCG CCG Deinococcus.fasta_447285 4 5.50e-04 CTC TACCCTGTTC CCCA Deinococcus.fasta_172684 5 6.65e-04 CCCC TATCCTCCTC CCA Deinococcus.fasta_1182_1 6 7.83e-04 CGGCG TAGAATGGCC GG -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 block diagrams -------------------------------------------------------------------------------- SEQUENCE NAME POSITION P-VALUE MOTIF DIAGRAM ------------- ---------------- ------------- Deinococcus.fasta_188011 1.4e-05 [+3]_7 Deinococcus.fasta_133016 1.4e-05 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_259080 2.6e-05 1_[+3]_6 Deinococcus.fasta_171317 2.6e-05 [+3]_7 Deinococcus.fasta_187368 3.1e-05 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_189947 3.9e-05 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_257035 4.8e-05 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_207982 4.8e-05 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_229748 5.9e-05 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_177604 5.9e-05 2_[+3]_5 Deinococcus.fasta_139404 5.9e-05 [+3]_7 Deinococcus.fasta_385963 5.9e-05 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_108159 8.7e-05 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_176979 0.0001 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_155917 0.0001 [+3]_7 Deinococcus.fasta_135554 0.0001 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_745711 0.0001 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_622054 0.0001 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_219180 0.00014 1_[+3]_6 Deinococcus.fasta_217573 0.00014 2_[+3]_5 Deinococcus.fasta_203444 0.00014 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_157438 0.00014 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_168588 0.00017 2_[+3]_5 Deinococcus.fasta_203474 0.00021 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_183331 0.00021 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_139943 0.00021 [+3]_7 Deinococcus.fasta_114475 0.00021 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_782443 0.00021 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_406739 0.00021 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_233099 0.00024 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_125311 0.00024 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_222397 0.0003 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_164927 0.00033 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_440781 0.00033 [+3]_7 Deinococcus.fasta_132144 0.00037 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_937122 0.00037 1_[+3]_6 Deinococcus.fasta_287229 0.00037 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_245046 0.0004 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_133241 0.0004 2_[+3]_5 Deinococcus.fasta_233524 0.00043 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_218381 0.00043 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_169966 0.00043 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_636757 0.00043 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_176470 0.00043 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_519833 0.00048 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_99252_ 0.00048 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_119344 0.00052 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_447285 0.00055 3_[+3]_4 Deinococcus.fasta_172684 0.00067 4_[+3]_3 Deinococcus.fasta_1182_1 0.00078 5_[+3]_2 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 in BLOCKS format -------------------------------------------------------------------------------- BL MOTIF 3 width=10 seqs=50 Deinococcus.fasta_188011 ( 1) TAGACTGCCC 1 Deinococcus.fasta_133016 ( 5) TATGCTGGGC 1 Deinococcus.fasta_259080 ( 2) TATGCTGACC 1 Deinococcus.fasta_171317 ( 1) TACACTGACC 1 Deinococcus.fasta_187368 ( 5) TAGACTCGCC 1 Deinococcus.fasta_189947 ( 4) TACACTCGCC 1 Deinococcus.fasta_257035 ( 5) TAAACTGCCC 1 Deinococcus.fasta_207982 ( 5) TAGGCTGGGC 1 Deinococcus.fasta_229748 ( 4) TAGACTTGCC 1 Deinococcus.fasta_177604 ( 3) TACGCTGGGC 1 Deinococcus.fasta_139404 ( 1) TAGACTCGGC 1 Deinococcus.fasta_385963 ( 5) TAAACTGACC 1 Deinococcus.fasta_108159 ( 5) TAGACTTTCC 1 Deinococcus.fasta_176979 ( 5) TATTCTGCCC 1 Deinococcus.fasta_155917 ( 1) TAGACTGTCG 1 Deinococcus.fasta_135554 ( 5) TACACTCTGC 1 Deinococcus.fasta_745711 ( 5) TATCCTGCGC 1 Deinococcus.fasta_622054 ( 5) TATGCTTTCC 1 Deinococcus.fasta_219180 ( 2) TAAGCTGCCC 1 Deinococcus.fasta_217573 ( 3) TACGCTGAGC 1 Deinococcus.fasta_203444 ( 4) TATGCTGGGG 1 Deinococcus.fasta_157438 ( 4) TAGCCTGCCC 1 Deinococcus.fasta_168588 ( 3) TATACTCGTC 1 Deinococcus.fasta_203474 ( 5) TAGCCTCGCC 1 Deinococcus.fasta_183331 ( 4) TACACTCGAC 1 Deinococcus.fasta_139943 ( 1) TACACTTCGC 1 Deinococcus.fasta_114475 ( 5) TAAGCTGCGC 1 Deinococcus.fasta_782443 ( 5) TAGCCTCGCC 1 Deinococcus.fasta_406739 ( 5) TATGCTTCGC 1 Deinococcus.fasta_233099 ( 4) TACTCTGCCC 1 Deinococcus.fasta_125311 ( 4) TACCCTCGCC 1 Deinococcus.fasta_222397 ( 4) TAGACTGGAG 1 Deinococcus.fasta_164927 ( 4) TATGCTGGAG 1 Deinococcus.fasta_440781 ( 1) TACACTCCAC 1 Deinococcus.fasta_132144 ( 5) TAAGCTGTAC 1 Deinococcus.fasta_937122 ( 2) TACCCTGGCG 1 Deinococcus.fasta_287229 ( 4) TATTCTGGGG 1 Deinococcus.fasta_245046 ( 4) TATACTCCCT 1 Deinococcus.fasta_133241 ( 3) TATGCTCTGG 1 Deinococcus.fasta_233524 ( 5) TACACTTGGG 1 Deinococcus.fasta_218381 ( 5) TAGGCTGAGG 1 Deinococcus.fasta_169966 ( 4) TAAACTGTCT 1 Deinococcus.fasta_636757 ( 5) TAGGCTGAGG 1 Deinococcus.fasta_176470 ( 4) TAAACTGTCT 1 Deinococcus.fasta_519833 ( 5) TACGCTGAGG 1 Deinococcus.fasta_99252_ ( 5) TAGCCTGAAC 1 Deinococcus.fasta_119344 ( 5) TATTCTCGCG 1 Deinococcus.fasta_447285 ( 4) TACCCTGTTC 1 Deinococcus.fasta_172684 ( 5) TATCCTCCTC 1 Deinococcus.fasta_1182_1 ( 6) TAGAATGGCC 1 // -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 position-specific scoring matrix -------------------------------------------------------------------------------- log-odds matrix: alength= 4 w= 10 n= 4848 bayes= 7.72541 E= 1.3e-017 -1229 -1229 -1229 256 219 -1229 -1229 -1229 -65 -12 -3 72 94 -76 6 -108 -345 169 -1229 -1229 -1229 -1229 -1229 256 -1229 -12 97 -50 -45 -23 38 9 -87 66 15 -150 -1229 120 -36 -150 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 position-specific probability matrix -------------------------------------------------------------------------------- letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 50 E= 1.3e-017 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.140000 0.280000 0.300000 0.280000 0.420000 0.180000 0.320000 0.080000 0.020000 0.980000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.280000 0.600000 0.120000 0.160000 0.260000 0.400000 0.180000 0.120000 0.480000 0.340000 0.060000 0.000000 0.700000 0.240000 0.060000 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 regular expression -------------------------------------------------------------------------------- TA[GCT][AG]CT[GC][GC][CG][CG] -------------------------------------------------------------------------------- Time 32.50 secs. ******************************************************************************** ******************************************************************************** SUMMARY OF MOTIFS ******************************************************************************** -------------------------------------------------------------------------------- Combined block diagrams: non-overlapping sites with p-value < 0.0001 -------------------------------------------------------------------------------- SEQUENCE NAME COMBINED P-VALUE MOTIF DIAGRAM ------------- ---------------- ------------- Deinococcus.fasta_1182_1 7.83e-03 17 Deinococcus.fasta_3268_3 7.39e-01 17 Deinococcus.fasta_3396_3 8.74e-01 17 Deinococcus.fasta_4362_4 1.73e-01 17 Deinococcus.fasta_19242_ 1.90e-04 2_[+1(7.95e-05)]_5 Deinococcus.fasta_22747_ 5.02e-01 17 Deinococcus.fasta_27968_ 3.13e-06 2_[+3(2.60e-05)]_5 Deinococcus.fasta_28024_ 7.35e-01 17 Deinococcus.fasta_29780_ 8.17e-01 17 Deinococcus.fasta_30922_ 2.26e-01 17 Deinococcus.fasta_32232_ 6.32e-01 17 Deinococcus.fasta_34813_ 7.09e-02 17 Deinococcus.fasta_37430_ 9.24e-01 17 Deinococcus.fasta_43899_ 6.28e-01 17 Deinococcus.fasta_49973_ 9.82e-01 17 Deinococcus.fasta_51044_ 8.78e-01 17 Deinococcus.fasta_54421_ 9.33e-01 17 Deinococcus.fasta_58217_ 1.31e-01 17 Deinococcus.fasta_60552_ 1.06e-06 3_[+1(8.56e-06)]_4 Deinococcus.fasta_68792_ 7.15e-01 17 Deinococcus.fasta_71875_ 8.90e-01 17 Deinococcus.fasta_77143_ 1.42e-02 17 Deinococcus.fasta_80125_ 1.04e-01 17 Deinococcus.fasta_81706_ 5.53e-01 17 Deinococcus.fasta_84322_ 5.74e-03 17 Deinococcus.fasta_87790_ 4.62e-02 17 Deinococcus.fasta_94687_ 8.86e-03 17 Deinococcus.fasta_99252_ 2.54e-03 17 Deinococcus.fasta_116733 1.98e-01 17 Deinococcus.fasta_119344 1.78e-03 17 Deinococcus.fasta_128158 3.54e-01 17 Deinococcus.fasta_129480 4.33e-07 2_[+1(1.72e-06)]_5 Deinococcus.fasta_137263 4.33e-01 17 Deinococcus.fasta_143571 4.52e-01 17 Deinococcus.fasta_149846 7.00e-03 3_[+2(5.59e-05)]_4 Deinococcus.fasta_152547 1.00e-05 3_[+1(6.82e-06)]_4 Deinococcus.fasta_153800 3.25e-01 17 Deinococcus.fasta_155591 6.88e-01 17 Deinococcus.fasta_159127 9.03e-01 17 Deinococcus.fasta_166299 2.90e-02 17 Deinococcus.fasta_169261 2.64e-01 17 Deinococcus.fasta_176470 1.56e-03 17 Deinococcus.fasta_182992 2.05e-02 17 Deinococcus.fasta_187927 3.68e-01 17 Deinococcus.fasta_189515 6.09e-01 17 Deinococcus.fasta_194101 9.64e-01 17 Deinococcus.fasta_201124 1.53e-03 17 Deinococcus.fasta_211084 5.22e-01 17 Deinococcus.fasta_216844 9.99e-01 17 Deinococcus.fasta_222090 8.59e-02 17 Deinococcus.fasta_224982 2.83e-01 17 Deinococcus.fasta_228847 5.87e-01 17 Deinococcus.fasta_231850 4.65e-01 17 Deinococcus.fasta_233532 2.21e-02 17 Deinococcus.fasta_240990 6.75e-01 17 Deinococcus.fasta_245486 7.64e-01 17 Deinococcus.fasta_256574 3.28e-01 17 Deinococcus.fasta_259425 4.20e-01 17 Deinococcus.fasta_261172 6.99e-01 17 Deinococcus.fasta_262881 4.06e-01 17 Deinococcus.fasta_263520 4.01e-01 17 Deinococcus.fasta_267509 5.02e-01 17 Deinococcus.fasta_273975 1.57e-04 17 Deinococcus.fasta_280882 2.63e-01 17 Deinococcus.fasta_287229 2.19e-03 17 Deinococcus.fasta_296867 2.69e-02 17 Deinococcus.fasta_299577 1.14e-04 2_[+1(6.66e-05)]_5 Deinococcus.fasta_302734 7.93e-01 17 Deinococcus.fasta_308187 1.17e-01 17 Deinococcus.fasta_311126 7.65e-01 17 Deinococcus.fasta_320682 9.15e-02 17 Deinococcus.fasta_322686 4.73e-01 17 Deinococcus.fasta_330466 4.98e-01 17 Deinococcus.fasta_331083 8.30e-01 17 Deinococcus.fasta_334252 1.09e-01 17 Deinococcus.fasta_336615 1.73e-04 3_[+1(7.14e-05)]_4 Deinococcus.fasta_337855 4.03e-01 17 Deinococcus.fasta_341414 5.88e-01 17 Deinococcus.fasta_344564 6.60e-02 17 Deinococcus.fasta_346361 5.27e-02 17 Deinococcus.fasta_354467 1.44e-01 17 Deinococcus.fasta_362589 3.95e-03 17 Deinococcus.fasta_362774 8.33e-03 17 Deinococcus.fasta_364741 2.08e-02 17 Deinococcus.fasta_365763 5.45e-01 17 Deinococcus.fasta_371527 1.25e-05 3_[+3(1.98e-05)]_4 Deinococcus.fasta_373236 1.67e-06 2_[+1(6.82e-06)]_5 Deinococcus.fasta_376906 5.91e-01 17 Deinococcus.fasta_378115 2.41e-02 17 Deinococcus.fasta_385963 2.27e-04 4_[+3(5.87e-05)]_3 Deinococcus.fasta_396822 6.96e-02 17 Deinococcus.fasta_401467 3.52e-01 17 Deinococcus.fasta_404515 9.03e-01 17 Deinococcus.fasta_406739 3.39e-04 17 Deinococcus.fasta_410051 7.44e-01 17 Deinococcus.fasta_414174 2.08e-02 17 Deinococcus.fasta_417564 4.86e-03 17 Deinococcus.fasta_418962 3.30e-01 17 Deinococcus.fasta_428392 7.87e-01 17 Deinococcus.fasta_432463 5.03e-01 17 Deinococcus.fasta_434166 5.65e-01 17 Deinococcus.fasta_439172 7.18e-03 17 Deinococcus.fasta_440822 9.71e-01 17 Deinococcus.fasta_440781 4.36e-02 17 Deinococcus.fasta_447285 3.40e-04 17 Deinococcus.fasta_456843 2.55e-02 17 Deinococcus.fasta_461679 9.62e-01 17 Deinococcus.fasta_463616 2.28e-01 17 Deinococcus.fasta_467498 8.76e-01 17 Deinococcus.fasta_472024 6.31e-01 17 Deinococcus.fasta_477295 6.24e-01 17 Deinococcus.fasta_477564 9.04e-01 17 Deinococcus.fasta_479725 5.56e-01 17 Deinococcus.fasta_483374 2.17e-05 2_[+3(2.60e-05)]_5 Deinococcus.fasta_486064 6.00e-01 17 Deinococcus.fasta_487524 2.87e-01 17 Deinococcus.fasta_496067 7.87e-01 17 Deinococcus.fasta_498552 4.41e-02 17 Deinococcus.fasta_500313 6.22e-04 3_[+1(7.14e-05)]_4 Deinococcus.fasta_503593 1.27e-02 17 Deinococcus.fasta_503598 6.01e-01 17 Deinococcus.fasta_507044 4.60e-01 17 Deinococcus.fasta_513483 4.79e-03 17 Deinococcus.fasta_514573 6.49e-01 17 Deinococcus.fasta_519833 9.69e-04 17 Deinococcus.fasta_538266 2.84e-01 17 Deinococcus.fasta_554072 7.51e-01 17 Deinococcus.fasta_554022 6.14e-01 17 Deinococcus.fasta_557441 5.56e-01 17 Deinococcus.fasta_560666 9.98e-01 17 Deinococcus.fasta_564306 4.75e-03 17 Deinococcus.fasta_566299 5.63e-01 17 Deinococcus.fasta_567824 1.98e-01 17 Deinococcus.fasta_569116 7.42e-01 17 Deinococcus.fasta_576149 5.12e-01 17 Deinococcus.fasta_580214 2.29e-05 1_[+1(3.25e-05)]_6 Deinococcus.fasta_588387 3.63e-01 17 Deinococcus.fasta_589388 1.71e-01 17 Deinococcus.fasta_593005 2.96e-01 17 Deinococcus.fasta_597145 8.74e-01 17 Deinococcus.fasta_600849 9.59e-01 17 Deinococcus.fasta_607556 8.25e-01 17 Deinococcus.fasta_609449 5.15e-02 17 Deinococcus.fasta_612409 1.42e-01 17 Deinococcus.fasta_616381 6.62e-01 17 Deinococcus.fasta_618216 2.41e-02 17 Deinococcus.fasta_622054 1.34e-04 17 Deinococcus.fasta_623119 8.85e-02 17 Deinococcus.fasta_626735 5.16e-03 17 Deinococcus.fasta_628336 2.18e-02 17 Deinococcus.fasta_636757 2.82e-04 17 Deinococcus.fasta_637438 2.47e-05 3_[+1(2.48e-05)]_4 Deinococcus.fasta_640174 6.04e-01 17 Deinococcus.fasta_641408 1.99e-01 17 Deinococcus.fasta_644707 9.13e-01 17 Deinococcus.fasta_646345 9.45e-02 17 Deinococcus.fasta_650697 6.66e-01 17 Deinococcus.fasta_652983 7.85e-03 5_[+2(2.46e-05)]_2 Deinococcus.fasta_658532 5.51e-01 17 Deinococcus.fasta_658484 9.26e-01 17 Deinococcus.fasta_662574 3.69e-03 17 Deinococcus.fasta_664006 1.50e-01 17 Deinococcus.fasta_665615 8.69e-01 17 Deinococcus.fasta_668526 6.14e-01 17 Deinococcus.fasta_679828 3.44e-01 17 Deinococcus.fasta_681383 1.77e-01 17 Deinococcus.fasta_683941 3.16e-01 17 Deinococcus.fasta_686699 4.09e-01 17 Deinococcus.fasta_690669 3.89e-02 17 Deinococcus.fasta_705899 8.41e-01 17 Deinococcus.fasta_708338 6.21e-01 17 Deinococcus.fasta_710320 1.61e-01 17 Deinococcus.fasta_713212 5.20e-01 17 Deinococcus.fasta_714710 5.14e-03 4_[+2(1.81e-05)]_3 Deinococcus.fasta_716455 3.96e-01 17 Deinococcus.fasta_727036 3.64e-01 17 Deinococcus.fasta_728858 9.05e-02 17 Deinococcus.fasta_735799 8.19e-01 17 Deinococcus.fasta_738801 6.01e-01 17 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