Филогенетические деревья, занятие 1От выбранных бактерий-листьев дерева находим и отмечаем путь к корню. Получаем поддерево, которое будем строить. Для создания скобочной формулы подпишем у каждого листа расстояние в узлах до корня. Начнём с самых вложенных, то есть дальних, листьев. Берём лист максимальной удалённости n, с ним записываем всех его сиблингов в одни и те же скобки. Идём к родительскому для них узлу уровня n-1, если у него есть дочерний узел уровня n - открываем вторую пару скобок и пишем туда все листья. Если дочернего узла нет, повторяем операцию для прямых потомков узла n-1.Исходное дерево: 
Скобочная формула:
Итоговое дерево:
Дерево построено в MEGA(стиль Нетривиальные ветви:
Любой лист с сиблингами создаёт нетривиальную ветвь. Лист без сиблингов - тривиален. Если такое понимание верно, то интерпретация задания достаточно проста. Идём от корня, если ветвь оканчивается узлом, то образуется разбиение дерева: все потомки этого узла (как прямые, так и высших порядков) против оставшихся элементов дерева. Если на конце ветви лист - ветвь разбиения не образует. |
