База GO, занятие 8Задание 1Белок из первого семестра (YP_004339259.1.fasta), UDP-N-ацетилглюкозамин1-карбоксивинилтрансфераза бактерии Hippea maritima, с помощью BLAST AmiGO не был найден в базе GO собственной персоной. Лучшей находкой стала трансфераза с тем же названием бактерии Geobacter sulfurreducens PCA (GSU_3102.fasta). Таксономия находки:cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; delta/epsilon subdivisions; Deltaproteobacteria; Desulfuromonadales; Geobacteraceae; Geobacter; Geobacter sulfurreducens Таксономия Hippea maritima: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; delta/epsilon subdivisions; Deltaproteobacteria; Desulfurellales; Desulfurellaceae; Hippea; Hippea maritima Находка и запрос различаются, начиная с порядка, но в целом оба относятся к бактериям-редуцентам. Результаты находки: Score = 1096 (390.9 bits), Expect = 5.3e-111, P = 5.3e-111, Identities = 226/419 (53%), Positives = 300/419 (71%) Таблица терминов GO, связанных с находкой:
Сущности всего 2 и с одинаковым кодом достоверности. Поэтому просто без таблицы впишу пояснение, что ISS (Inferred from Sequence or Structural Similarity) присваивается, если полученная в результате анализа последовательности аннотация была проверена экспертами. По сущностям можно судить о функции белка: он задействован в процессе биосинтеза пептидогликана, более известного как муреин. Наличие гена этого белка в геноме указывает на то, что это геном бактерии: пептидогликан как основной компонент клеточной стенки характерен только для них и глаукоцистофитовых водорослей. Аминокислотный состав пептидогликана характерен для каждого вида бактерий и потому служит основной мишенью для антибактериальных веществ, например, для лизоцима или β-лактамных антибиотиков. Задание 2Термин peptidoglycan biosynthesis process в GO относительно популярен: входит как часть в 7 терминов и является разновидностью 27ми терминов. Требуемое заданием пояснение: GO по сути - база данных, или его можно интерпретировать как граф, в котором вершины - сущности, или термины, а рёбра - отношения между этими сущностями. Виды отношений типизированы, термины могут быть любыми. На такой базе можно структурировать данные как угодно: деревом, таблицей, функциональной схемой. Теоретически (и, я думаю, уже реализовано практически, просто я об этом не знаю) можно было бы делать модели на основании такой базы. Тривиальная проверка свойства транзитивности (если А=В и В=С, то А=С) уже реализовано в виде отношений с пометкой "inferred". Но можно сделать и другие. Например, мы знаем о влиянии процесса А на процесс В, и процесса С на процесс В. Исходя из связей в базе можно выявить и другие общности между процессами A и B, кроме влияния на процесс C. Поскольку я не сильна в теориях полноты задачи и прочей матлогике (не было соответствующего курса и времени разобраться самостоятельно), то не могу оценить, насколько реализация GO подходит для задач моделирования и визуализации.
 |