Вторичная структура белка

Вторичная структура описана в PDB-файле pdb4nd1.ent в секциях HELIX, LINK, SHEET и т.п. Для построения вторичной структуры методом DSSP использована утилита mkdssp 3.0.0 (для командной строки: dssp ) с получением выходного файла 4nd1.dssp Кристаллографическая модель показывает наличие 14 α-спиралей и 4 β-листа:

Сравнение модели и предсказания по DSSP-алгоритму, альфа-спирали:
остаток начала, pdb остаток конца, pdb длина спирали, pdb остаток начала, dssp остаток конца, dssp длина спирали, dssp
G30 N44 15 G30 D43 14
G57 G73B 18 I58 F73A 18
D84 S89 6 -- -- --
D108 E11 4 -- -- --
L112 C131 20 L113 Y130 18
P141 G154 14 L142 S153 12
P156 N158 3 -- -- --
A164 G181 18 G165 F180 16
N183 S185 3 -- -- --
T203 S205 3 -- -- --
L212 Q218A 7 L212 K217 6
T221 K244 24 Q222 L243 22
Y247 K263 17 F248 L262 15
T308 N331 24 P309 D330 22

DSSP пропускает короткие α-спирали, а длинные инициирует позже и заканчивает раньше, в результате чего они выходят короче тех, что в модели.
Сравнение модели и предсказания по DSSP-алгоритму, альфа-спирали:
β-слой и номер тяжа остаток начала, pdb остаток конца, pdb длина тяжа, pdb остаток начала, dssp остаток конца, dssp длина тяжа, dssp
A 1 V78 T81 4 V78 T81 4
A 2 D48 F52 4 D48 F52 4
A 3 K23 I27 5 K23 I27 5
A 4 V93 I96 4 V93 I96 4
A 5 F134 C137 4 F134 C137 4
A 6 V160 G162 3 V160 G162 3
B 1 V187 S188 2 V187 S188 2
B 2 S207 V208 2 S207 V208 2
B 3 V210A P210B 2 V210A P210B 2
C 1 V191 I192 2 V191 I192 2
C 2 V200 P201 2 V200 P201 2
D 1 A267 C275 9 A267 C275 9
D 2 I285 G294 10 I285 G294 10
D 3 G297 I302 6 G297 I302 6

По части β-листов DSSP и PDB-модель расхождений не имели, в том числе и по тяжам, состоящим всего из 2 АК-остатков.