Гидрофобные кластеры
Построение кластеров для одной молекулы
Взят белок NFkB - транскрипционый фактор воспалительных реакций и онкогенеза. (PDB: 1u36.pdb)
Для построения гидрофобных кластеров использован сервис CluD ) с порогами от 4,5 до 7 å. Все построения содержали большое гидрофобное ядро, пронизывающее β-бочонкоподобную структуру транскрипционного фактора, однако второе мажорное гидрофобное ядро выделялось только на порогах в 5 и 5,4 å. При понижении порога число кластеров увеличивалось до 14, причём начинали дробиться крупные кластеры. При повышении порога до 7 оставалось единственное гидрофобное ядро. Более похожее на правду число кластеров даёт значение 5 å - несмотря на большое число мелких, в 5-12 молекул, кластеров, видны два, участвующих в организации сборки комплекса NFkB.
 |  |
| 4,5å, 14 кластеров | 5å, 11 кластеров |
 |  |
| 5,4å, 11 кластеров | 5,6å, 8 кластеров |
 |  |
| 5,8å, 4 кластера | 6å, 3 кластера |
 | |
| 7å, 1 кластер | |
Построение кластеров между двумя молекулами
Для построения кластеров взят гетеродимер (PDB: 3jv4.pdb) субъединицы транскрипционного фактора NFkB (оливковый, слева) и его ингибитора ReiB (зелёный, справа). Кластер образуется при взаимодействии субъединиц гетеродимера (построение при 5 å).
|