Таблица 1. Глобальное парное выравнивание белков Escherichia coli и Bacillus subtilis
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Lysine-sensitive aspartokinase 3 | AK3_ECOLI | AK3_BACSU | 358.5 | 26.7 % | 43.6 % | 65 | 15 |
| D-aminoacyl-tRNA deacylase | DTD_ECOLI | DTD_BACSU | 303.0 | 40.4 % | 58.2 % | 15 | 1 |
| Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | DEOD_ECOLI | DEOD_BACSU | 692.0 | 56.1 % | 73.2 % | 6 | 1 |
Таблица 2. Локальное парное выравнивание белков Escherichia coli и Bacillus subtilis
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Lysine-sensitive aspartokinase 3 | AK3_ECOLI | AK3_BACSU | 360.5 | 27.3 % | 44.4 % | 57 | 12 | 99.78 % | 98.68 % |
| D-aminoacyl-tRNA deacylase | DTD_ECOLI | DTD_BACSU | 306.0 | 46.8 % | 66.7 % | 0 | 0 | 96.55 % | 95.45 % |
| Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | DEOD_ECOLI | DEOD_BACSU | 698.0 | 58.5 % | 76.0 % | 1 | 0 | 97.49 % | 99.14 % |
Таблица 3. Глобальное парное выравнивания негомологичных белков Escherichia coli и Bacillus subtilis
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Phosphatidylglycerol--prolipoprotein diacylglyceryl transferase / Adenylate kinase | LGT_ECOLI | KAD_BACSU | 14.5 | 12.1 % | 18.1 % | 234 | 15 |
Таблица 4. Локальное парное выравнивание негомологичных белков Escherichia coli и Bacillus subtilis
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Phosphatidylglycerol--prolipoprotein diacylglyceryl transferase / Adenylate kinase | LGT_ECOLI | KAD_BACSU | 35.5 | 29.3 % | 43.9 % | 9 | 2 | 65.29 % | 85.71 % |
В таблицах 3 и 4 соответственно представлены глобальное и локальное выравнивания двух негомологичных белков. Величина процента идентичности в глобальном выравнивании (12.1 %) подтверждает, что белки не являются родственными. В пользу этого также говорят низкие проценты покрытия. Следовательно, выравнивание не имеет биологического смысла.
Для множественного выравнивания была выбрана мнемоника DTD. По запросу dtd_* AND reviewed:yes нашлось 538 белков.
Использовались команды seqret и muscle пакета EMBOSS. Был создан файл с именами белковых последовательностей, а далее с помощью второй команды было проведено множественное выравнивание (колонки раскрашены по проценту идентичности). Из выравнивания видно, что все белки претерпели значительные изменения. Совпадающие во всех 7 последовательностях участки имеют длину не более 5 остатков. Вероятно, нужно учитывать также то, что белки относительно недлинные. В целом, нет более похожих или менее похожих последовательностей.
Список идентификаторов: DTD_ECOLI, DTD_BACSU, DTD_BACAM, DTD_MYCTU, DTD_KORVE, DTD_HAEDU, DTD_SHEON.