Нуклеотидные банки данных

Описание сборки генома эукариотического организма

Организм: Тигр (Panthera tigris)

Описание

Тигр относится к семейству Кошачьих отряда Хищные. Является одним из крупнейших наземных хищников. Ареал представлен тропическими лесами, пустынями и саваннами. В настоящее время обитает на территории нескольких стран, в основном Китая, Индии и государств Ближнего Востока. Самцы могут достигать в длину 3 метра и весить более 300 кг. Копытные и крупные травоядные составляют основной рацион тигров. Живут и охотятся как правило в одиночку. Средняя продолжительность жизни тигра составляет около 28 лет. Тигры занесены в Красную книгу, а охота на них повсеместно запрещена.

Число сборок генома: 3

Название сборки P.tigris_Pti1_mat1.1
RefSeq AC GCF_018350195.1
Уровень сборки Chromosome
Суммарная длина последовательностей 2,408,695,688
Число контигов 140
N50 74,391,967
L50 12
Число скэффолдов 75
N50 146,942,463
L50 7
Метод секвенирования PacBio Sequel 2
Последовательность контига fasta-файл

Panthera tigris

Поиск последовательности CDS прокариотического вируса


Для получения списка полных геномов, удовлетворяющих заданным условиям, был выполнен следующий запрос по NCBI Nucleotide: (((Microviridae[Organism]) AND 4000:5000[Sequence Length] and complete genome)) AND host

АСNC_001741.1
Латинское название Chlamydia virus Chp1
TaxID 2003327
Тип геномакольцевая двуцепочечная ДНК
ХозяинChlamydia psittaci
Файл с cdsfasta-файл

Ключи таблицы локальных особенностей

  • V_region - вариабельные регионы тяжелых и легких цепей иммуноглобулина, а также альфа-, бета- и гамма-цепей Т-клеточного рецептора. Может состоять из V_segments, D_segments, N_regions, and J_segments. AC записи с ключом: X90000.1

    • V_region 756..1190
    /gene="IGH VH (HUM IgH 431X)"

  • telomere - область, идентифицированная как теломера, а также экспериментально охарактеризованная. AC записи с ключом: CP028774.1

    • telomere 1..269

  • sig_peptide - участок, кодирующий сигнальный пептид, который обеспечивает котрансляционный или посттрансляционный транспорт белка в определенную органеллу. AC записи с ключом: AJ243211.1

    • sig_peptidejoin(13239..13299,18446..18460)
    /gene="DMBT1"

  • mat_peptide - последовательность зрелого белка, прошедшего посттрансляционную модификацию, не включающая стоп-кодон, в отличие от CDS. AC записи с ключом: AJ243211.1

    • mat_peptidejoin(18461..18475,22649..22696,23377..23424,24801..24848,
    26204..26251,28888..29211,30300..30329,31207..31248,
    32067..32390,33355..33384,34282..34314,35089..35412,
    36811..36840,37760..37798,38549..38872,40614..40652,
    41433..41756,43154..43183,43968..44006,44761..45084,
    46058..46087,46985..47017,47809..48132,49531..49560,
    50480..50518,51280..51603,52570..52599,53497..53529,
    54303..54626,55606..55635,57556..57588,58362..58685,
    59665..59694,61615..61647,62421..62744,63724..63753,
    65675..65707,66464..66787,67755..67784,68700..68738,
    69504..69827,73724..73750,74380..74412,78287..78440,
    78735..78937,79408..79728,80302..80322,81308..81337,
    81638..81788,84434..84642,85570..85754,88482..88891,
    91565..91838)
    /gene="DMBT1"
    /product="DMBT1 prototype"
    /note="prototype of the secreted form"
  • polyA_site - поли-А сайт мРНК. AC записи с ключом: XM_044539466.1

    • polyA_site16426
    /gene="LOC123119599"
    /experiment="COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239]"