Структуры нуклеиновых кислот

Задание 1

Работа с программным пакетом 3DNA.

A-форма
B-форма
Z-форма

Задание 2

Ссылка на изображение в MarvinSketch

В сторону большой бороздки обращены атомы (для тимин): C6,C5,C4,O4,C5,C7

В сторону малой бороздки обращены атомы: O2, C2, N1

На изображении слева красным отмечены атомы большой бороздки, синим - малой.

Характеристика A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали правая правая левая
Шаг спирали 30.7 33.2 42
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 9.63 (T7(A)-T27(B) 20.58 (A15(A)-T31(B) 23.5 (C8(A)-C28(B))
Ширина малой бороздки 18.5 (T7(A)-A38(B) 13.2 (T15(A)-T31(B) 14.4 (С10(A)-G37(B))

Задание 3

Упражнение 1

С помощью программы analyze были получены значения торсионных углов для данной РНК, доступные по ссылке.

Упражнение 2

Информация о представленных в молекуле водородных связях была получена с помощью программы analyze, с результатом работы которой можно ознакомиться по ссылке.
Стебли образуют нуклеотиды под номерами: 2-7 и 71-66; 49-53 и 65-61; 37-44 и 33-26; 10-12 и 25-23.
Неканонические пары оснований: U54-A58, U55-G18, A37-U33, U38-U32, C44-A26, A13-A45, A14-U8, G15-C48.
Дополнительные водородные связи в тРНК: U54-A58, U55-G18, A13-A45, A14-U8, G15-C48, G19-C56.