Комплексы ДНК-белок¶
Предсказание вторичной структуры заданной тРНК¶
В этом задании нужно было сравнить выдачи программ
einverted (параметр treshold был выбран равным 0, так как при значени этого параметра по умолчанию программа не находит инвертированных участков), RNAfold и ранее использованной find_pair для предсказания вторичной структуры RNA.PDB:1GTS
| Участок структуры | Позиции в структуре (find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера (RNAfold) |
| Акцепторный стебель | 5'-2-7-3' 5'-66-71-3'6 пар, все канонические |
предсказано 6 пар из 6 реальных | предсказано 7 пар из 7 реальных |
| D-стебель |
5'-10-12-3' 5'-23-25-3'3 пары, все канонические |
- | предсказано 3 пар из 3 реальных |
| T-стебель |
5'-49-53-3' 5'-61-65-3'5 пар, все канонические |
- | предсказано 5 пар из 5 реальных |
| Антикодоновый стебель |
5'-26-33-3' 5'-37-44-3'8 пар, 5 канонических |
- | предсказано 5 пар из 5 реальных |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 22 | 6 | 20 |
einverted нашла только один компементарный участок. Алгоритмы Цукера и find_pair обладают более высокой точностью.
