Секвенирование по Сэнгеру

Исходные файлы: forward-read, reverse-read.

Результат: консенсус в формате FASTA.

Выравнивания:

Cырых последовательностей с консенсусом fasta-файл.

Отредактированных последовательностей с референсом fasta-файл.

Характеристика хроматограммы
  • Нечитаемые участки прямого рида: 1-139 | 710-717 (автоматический порог в 30 оставил части этих участков)
  • Нечитаемые участки обратного рида: 1 | 610-714

    • Исправление полиморфизмов

    Полиморфизм 185_R: исправлен по F-прочтению.

    Полиморфизм 265_R: исправлен по F-прочтению.

    Полиморфизм 476_F: исправлен по R-прочтению.

    Полиморфизм 707_F: визуально определяемый C.


    Пример нечитаемой хроматограммы
    альтернативный текст

    В качестве примера был взят файл L46_COI_F_A07_WSBS-Seq-07-10-16.ab1 из директории /bad. На хроматограмме отчетливо видно, особенно в начале, высокие пики G нуклеотида (загрязнение образца пятнами красителя), также ближе к концу видно практически отсутствие сигналов, это может быть связано с загрязнениями образца ингибиторами, либо с нехваткой продуктов ПЦР.