Поиск ортологов и паралогов

Составление списка гомологичных белков

Поиск гомологов белка CLPX_ECOLI производился с помощью blastp с порогом evalue в 0.001

ID	Name	E-value	Score
CLPX_NOCSJ	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	0.0	528
Q1AVT0_RUBXD	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	0.0	524
CLPX_COREF	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	0.0	518
CLPX_CORDI	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	0.0	518
CLPX_ARTS2	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	0.0	516
CLPX_LEIXX	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	0.0	509
CLPX_BIFLO	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	6.84e-150	432
A0K1M3_ARTS2	ATPase AAA-2 domain protein	4.38e-08	54.3
Q1AU05_RUBXD	ATPase AAA-2	2.35e-07	52.0
Q8G871_BIFLO	Protease	5.24e-07	51.2
Q8FMH5_COREF	Putative endopeptidase Clp ATP-binding chain C	8.75e-06	47.0
Q6NFB1_CORDI	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit	2.60e-05	45.8
Q1AY82_RUBXD	ATPase AAA-2	1.24e-04	43.5
RUVB_BIFLO	Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB, EC 3.6.4.12	1.32e-04	42.7
Q6ACQ0_LEIXX	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH, EC 3.4.24.-	1.49e-04	43.1
Q8G3S2_BIFLO	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH, EC 3.4.24.-	1.50e-04	43.1
RUVB_ARTS2	Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB, EC 3.6.4.12	2.14e-04	42.4
A1SDV1_NOCSJ	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH, EC 3.4.24.-	3.22e-04	42.0
A0JR82_ARTS2	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH, EC 3.4.24.-	4.01e-04	41.6
A0K236_ARTS2	AAA ATPase, central domain protein	4.08e-04	41.6
FTSH_RUBXD	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH, EC 3.4.24.-	7.62e-04	40.8
Q6NF92_CORDI	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH, EC 3.4.24.-	7.99e-04	40.8
RUVB_NOCSJ	Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB, EC 3.6.4.12	8.50e-04	40.4
Q6NGK1_CORDI	AAA domain-containing protein	0.001	40.4
Q8FMG2_COREF	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH, EC 3.4.24.-	0.001	40.4

Реконструкция и визуализация

На основе выравненных с помощью алгоритма Muscle последовательностей белков с помощью алгоритма Neighbour joining в программе MEGA было получено следующее филогенетическое дерево

Ортологи	Паралоги
CLPX ARTS2 - CLPX LEIXX	Q1AY82 RUBXD - Q1AU05 RUBXD
CLPX COREF - CLPX CORDI	Q6NF92 CORDI - Q6NGK1 CORDI
RUVB ARTS2 - RUVB NOCSJ	CLPX BIFLO - RUVB BIFLO

Изображения дерева

ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX: в данную ортологичную группу попали белки из всех исследуемых бактерий; топология дерева не соответствует топологии эталонного.

Clp: в данную ортологичную группу не попали белки из Nocardioides sp. и Leifsonia xyli

CLPX: в данную ортологичную группу попали белки из всех исследуемых бактерий; топология дерева не соответствует топологии эталонного.