Краткое описание генома вируса

"Amasya cherry disease associated chrysovirus"

Практикум №5

Информация о вирусе

Amasya cherry disease associated chrysovirus - вирус рода Chrysovirus и семейства Chrysoviridae.[1] Данное семейство не относится к какому-либо порядку.[3] Вирусы этого рода принадлежат классу III - двухцепочечные РНК-вирусы, инфицирующие грибы, в частности особей рода Penicillum. Вирус не имеет липидной оболочки. Капсид его имеет формулу икосаэдра с коэффициентом триангуляции T=1.[2] Геном вируса содержит 4 сегмента, каждый из которых кодирует единственный белок.[2]

Рисунок 1. Внешний вид вириона Chrysoviridae [2]

Рисунок 2. Внешний вид капсида [4]

Механизм размножения[2]:

  1. Вирус внедряется в цитоплазму.
  2. Происходит обратная транскрипция двухцепочечной РНК, сама дц-РНК не попадает в цитоплазму. Этот (+)транскрипт используется в качестве образца для трансляции.
  3. (+)РНК инкапсидируется в вирион, где она транскрибируется с выходом молекул (-)РНК, дополняющих (+) до двухцепочечной молекулы.
  4. Готовые вирионы переходят в новые клетки путём цитоплазматического обмена, спорогенеза или через анастомозы.

Таблица 1. Основные параметры генома вируса "Amasya cherry disease associated chrysovirus"

Параметр Значение
Английское название вируса Amasya cherry disease associated chrysovirus
Русское название вируса Амасийский хризовирус, связанный с заболеваниями вишни *
*Антракноз и прочие заболевания растений
Количество фрагментов в полном геноме 4 фрагмента
Общая длина генома (п.н.) 11858
Количество кодируемых в геноме полипептидов 4
Количество "зрелых" вирусных белков –

Биолистинг 1. Белок вируса "Amasya cherry disease associated chrysovirus" 

>YP_001531160.1 hypothetical protein ACDACVs4_gp01
MSHVLGERFAKLGLGMEKRLKVRDRRCRQWLAKYDTVKLNSAVVDATIKESMHIPDAKRR
ENLFAIVLPAGCGKSTLCRKYGYLDIDECAGGAVEATYYHAITEMMEMDRFNTNATGAKV
WLDAVNNTLDKMVFYEPCVVMANDVVTAHLIGATVLCGIAVNDEAVAKGIAHRSKADKGA
AKATTDLLLKVRSVSGRAFPVLYADSYEEMESKVLQTLEVNGLTGCMNEVFDDYMARYEE
REITMMQAVKSAKACSATVMNTGWNDMIALARQRDSRDRRAISRGSTAKRTELYKLLHLD
EHKEVEAWVDTLPGVPSEYVERMVCWWKFIGQDMSCSEGVLTMLAGVTNKDDQIVMPWID
YCVKHRMWAGTPLDANDIEALMILKSCFRQRFMKRVVTRAEAESGEGVWTEAMTEWLKKS
GCDGKFVNLAPLRDINAVELKDYQIYKKLCEYDVQWERVDVNWLYYAMHGQMKWWDMVVE
LDVMCRMCRDDRGLGRFNMLKLGSQEVWRYEPLVNSSKAAIMVKKLPKYMAPNILGAVEF
GEVGYDVAKHLVERVTMACEEEYTQRSAIQACLLERWRYVGYALSKGIELPGTCWTYMAY
RTGLDDEDELRKWLVGEGRKERTEPLNYVECKARCGEQGFRKGLPHEYRRRETPVTPDWV
RIGNDWHRRGGYLNDIG

Источники информации:
  1. Taxonomic information: Amasya cherry disease-associated chrysovirus
  2. Viral Zone: Chrysovirus
  3. ICTV Virus Taxonomy
  4. RSCB PDB: Penicillium chrysogenum virus (PcV) capsid structure

© Arsenii Loginovskii, 2016
Лого ФББ