Комментарий к таблице:

Остатки являются функционально идентичными, если при замене одного на другой в последовательности белка не происходит изменения свойств белка. Позиция является функционально консервативной, если ее аминокислотный остаток не менялся или менялся только на функционально идентичный. В частности, это замены в группах (D, E); (G, A, V, L, I) и т.п.

Рисунок 1. Выравнивание последовательностей в JalView
Позиции выравнивания: G - содержащие гэп; F - полностью функционально консервативные; С - консервативные на 80+%.

Описание конкретных позиций:

F - Полностью функционально консервативные позиции выравнивания, например:
491: F;F;F;F;F;F
575: A;V;V;V;I;I – аминокислоты (G, A, V, L, I) близки по свойствам
624: Y;Y;Y;Y;Y;Y
C - Позиции выравнивания, консервативные на 80+%, например:
495: A;S;A;A;A;A
510: K;K;K;K;K;N
541: E;Q;E;E;E;E
G - Позиции выравнивания, содержащие гэп, например:
518: -;-;-;-;N;N
571: -;-;-;-;L;L
625: Q;Q;A;-;Q;-

2. Эволюция последовательности белка

Рисунок 2. Автоматическое выравнивание в JalView (MUSCLE)

Рисунок 3. Исправленное выравнивание

Комментарий:

Автоматическое выравнивание, конечно же, содержит ошибки, в том числе из-за того, что программа воспринимает последовательности как эволюционировавшие не последовательно, а параллельно.
Наиболее важные ошибки отмечены красными полями на рис.2.

№	Позиция выравнивания	[Было]	[Стало]	Изменилось в...
1	7	I	–	s4
2	17	T	Y	s6
3	45	R	M	s1
4	51	–	W	s2
5	86	K	H	s7
6	93	–	A	s1
7	99	T	I	s4
8	104	–	L	s3
9	109	K	M	s5
10	110	P	–	s1

---

Загрузить скрипт, моделирующий «небывалую эволюцию последовательности белка» для <X> поколений.
Синтаксис: ./script.sh <X> <Input sequence file> <Output file>.