Оптимальное парное выравнивание - Практикум №11

1. Сравнение параметров глобального и локального выравниваний

Комментарий:

Параметры, используемые программой по умолчанию:

Матрица весов – EBLOSUM62
Штраф за открытие InDel – 10,0
Штраф за продление InDel – 0,5

Различия между глобальным и локальным выравниваниями несущественны и касаются позиционирования двух небольших (1-3 позиции) гэпов.

Программа	Белок 1	Белок 2	Матрица	Длина	Indel	Консерв. поз.	%	Функц. конс.	%	Гэпы	%
Needle	DNAK_METBF	HSP7C_CHICK	EBLOSUM62	671	14	303	45,2	420	62,6	76	11,3
Water	DNAK_METBF	HSP7C_CHICK	EBLOSUM63	615	9	295	48,0	408	66,3	46	7,5

Рисунок 1. Пример различия выравниваний

2. Сравнение параметров локальных выравниваний

Белок 1	Белок 2	Матрица	Длина	InDel	Конс. поз.	%	Функц. конс.	%	Гэпы	%
DNAK_METBF*	HSP7C_CHICK*	EBLOSUM62	615	9	295	48,0	408	66,3	46	7,5
Y2238_MYCTU	B5T7U2_NEIME	EBLOSUM62	47	2	13	27,7	180	38,3	7	14,9
Y2238_MYCTU	A0A0C1MGL6_NEIME	EBLOSUM62	50	3	16	32,0	29	58,0	13	26,0
Y2238_MYCTU	FTHS_CLOTH	EBLOSUM62	70	2	19	27,1	27	38,6	13	18,6
B5T7U2_NEIME	A0A0C1MGL6_NEIME	EBLOSUM62	49	2	9	18,4	17	34,7	8	16,3
B5T7U2_NEIME	FTHS_CLOTH	EBLOSUM62	60	4	20	33,3	30	50,0	10	16,7
A0A0C1MGL6_NEIME	FTHS_CLOTH	EBLOSUM62	56	3	17	30,4	25	44,6	15	26,8

*Гомологичные белки

Вывод: Локальные выравнивания негомологичных белков, как правило, небольшие по длине и содержат мало консервативных и функционально консервативных позиций, а также сравнительно большое количество гэпов.

3. Сравнение выравниваний, построенных разными программами

Рисунок 3. Сравнение трёх выравниваний

Комментарий:

Номера столбцов с различиями между выравниваниями выделены на рисунке красным.

Различия:

1-5; MUSCLE vs. Needle: позиционирование остатков 1-3 цепи DNAK_METBF (1-3 vs. 3-5) 46-48; MUSCLE vs. Needle: позиционирование остатков 46-47 цепи HSP7C_CHICK (47-48 vs. 46-47) 89-99; MUSCLE vs. Needle: позиционирование гэпов в цепи DNAK_METBF (78-87 vs. 78-80+83-92)