BLAST
Практикум №12
Практикум №12
1. Проверка гомологичности белков, найденных поиском по сходству
Из найденных с помощью поиска BLAST по сходству с PDB:5ID2_A белков были выбраны следующие:
| ID | Name | Coverage | E-Value | Identity % | Homologic |
| 5ID2_A | Putative peroxiredoxin | 100% | 0.0 | 100% | Yes |
| WP_037721052.1 | peroxiredoxin | 98% | 2.00E-46 | 49% | Yes |
| WP_062403506.1 | peroxiredoxin | 96% | 2.00E-45 | 53% | Yes |
| WP_078716214.1 | peroxiredoxin | 83% | 2.00E-22 | 38% | Yes |
| WP_012002615.1 | thioredoxin peroxidase | 89% | 2.00E-20 | 31% | Yes |
| OMK35736.1 | hypothetical protein BER30_002058 | 73% | 2.00E-07 | 29% | Yes |
| WP_067053438.1 | alkyl hydroperoxide reductase | 86% | 5.00E-06 | 26% | Yes |
| WP_064877194.1 | alkyl hydroperoxide reductase | 66% | 7.00E-06 | 36% | Yes |
| AIF06020.1 | bacterioferritin comigratory protein (BCP, PRXQ, DOT5) | 83% | 0.002 | 29% | Yes |
| OJD08403.1 | alkyl hydroperoxide reductase | 88% | 3 | 25% | Yes |
Рисунок 1. Выравненные последовательности
Загрузить проект JalView
2. Перестройки белковых доменов
Для описания интересных доменных перестроек в белках были выбраны белки с UniprotID A0A0A1TYG0_ENTIV и A0A044VFS3_ONCVO. Белки были выбраны с помощью поиска по домену AhpC-TSA в сервисе Pfam.
Выбранные параметры:
Порог E-Value = 1.0E-5
Длина слова = 2
В белке произошла практически полная дупликация двух доменов: AB → ABAB; где A - домен AhpC-TSA, B - домен 1-cysPrx_C.
Рисунок 2. Карта выравнивания
3 416
A0A044VFS3MWSFIVLKYA TEFNVAGDNL RISREMTLAG SKAFIGQPAP NFKTTAVV-N
A0A0A1TYG0---FMCEKEC PAKKVYEDFL RIV------- PKVQVGEEAP EIKAQCLCPC
A0A0A1TYG0---------- ---------- ---------- ---------- ----------
GDFKEISLNQ FKGKYVVLFF YPLDFTFVCP TEIIAFSDRI SEFKKLDVAV
GAIKDFDMSE YKGKFIVLLF YPLDWTFVCP TEMMGYSKLA EEMN--DVQF
---------- ---------- ---------- ---------- ----------
MACSTDSHFS HLAWVNTDRK MGGLGQMNIP ILADTNHAIS KAYGVLKEDE
VGISVDSVFC HKAWTEAPKE HGGVGKLSFP LVSDIKKCIS MRYNMYNAAD
---------- ---------- ---------- ---------- ----------
GIAYRGLFII DSKGILRQIT VNDLPVGRSV DETLRLVQAF QFVDNHGEVC
GIARRGYVIV DTKGIVRYMQ VNDNGIGRNT DETKRIIEAI KFSDEHGDVC
---------- ---------- ---------- ---------- ----------
PANWQPGSET IKPEREMTLA GSKAFIGQPA PNFKTTAVV- NGDFKEISLN
PLNWKPGKDT MKPTPEGVAA ---------- ---------- ----------
---------- ---------- --KVQVGEEA PEIKAQCLCP CGAIKDFDMS
QFKGKYVVLF FYPLDFTFVC PTEIIAFSDR ISEFKKLDVA VMACSTDSHF
---------- ---------- ---------- ---------- ----------
EYKGKFIVLL FYPLDWTFVC PTEMMGYSKL AEEMN--DVQ FVGISVDSVF
SHLAWVNTDR KMGGLGQMNI PILADTNHAI SKAYGVLKED EGIAYRGLFI
---------- ---------- ---------- ---------- ----------
CHKAWTEAPK EHGGVGKLSF PLVSDIKKCI SMRYNMYNAA DGIARRGYVI
IDPEGILRQI TVNDLPVGRS VDETLRLIQA FQFVDKHGEV CPANWQPGSD
---------- ---------- ---------- ---------- ----------
VDTKGIVRYM QVNDNGIGRN TDETKRIIEA IKFSDEHGDV CPLNWKPGKD
TIKPGVKESK AFFEKQ
---------- ------
TMKPTPEGVA AYLTKH
Сиквенс 1. Выравнивание белка, содержащего дуплицированные домены, относительно белка, не имеющего дупликации. (формат PHYLIP)
© Arsenii Loginovskii, 2017
