Было проведено сравнение трёх алгоритмов множественного выравнивания (MSAA): MAFFT, MUSCLE и TCoffeeWS.

Рисунок 1. Последовательности, выравненные с помощью трёх алгоритмов.

Описание различий в выравниваниях:

В дальнейшем используются номера позиций не каждого из белков в отдельности, а выравнивания в целом, сделано это для простоты и наглядности. (Белковые выравнивания оказались одинаковой длины)

1. Участок выравнивания 81-93:
   • MAFFT: Гэпы в посл. 1; 2; 3; 5 в позициях 81-87; 83-85; 81-85; 81-87, соответственно.
   • MUSCLE: Отличия: [инсерции] пары гэпов в посл. 1; 5; в позициях 82-85+91-93; 82-85+91-93.
   • TCoffee: Сильные отличия: гэпы смещены у каждой из четырёх последовательностей (относительно предыдущих алгоритмов): 84-90; 84-86; 84-88; 84-90.
   У выравниваний MAFFT и MUSCLE совпадают колонки 82-85; MAFFT и TCoffee - 84, 85, 91-93; MUSCLE и TCoffee - 84, 85 (из данного участка).
   Предположение: Вполне понятно, что данная часть белка весьма неконсервативна и, скорее всего, не играет какой-либо существенной роли. Точно сказать, какое из выравниваний является более верным, затруднительно, так как последовательности очень сильно отличаются друг от друга.
2. Участок выравнивания 101-103:
   • MAFFT и MUSCLE: В последовательностях 2-6 гэп в позициях 101-102
   • TCoffee: В последовательностях 2-6 гэп в позициях 102-103
   На данном участке выравнивания MAFFT и MUSCLE полностью совпадают. У всех трёх выравниваний совпадает только колонка 102, где триптофану белка 1 не сопоставлен ни один из остатков в остальных цепях.
   Предположение: Алгоритмы по-разному определили положение гэпа в последовательностях 1-5. Верного ответа здесь быть не может, но вариант делеции/вставки букв FW выглядит более правдоподобным.
3. Участок выравнивания 115-124:
   • MAFFT и MUSCLE: В последовательностях 1-4, 6 гэпы в позициях 115-121.
   • TCoffee: В последовательностях 1-4, 6 гэпы в позициях 118-124.
   На данном участке выравнивания MAFFT и MUSCLE полностью совпадают. У всех трёх выравниваний совпадают только колонки 118-121.
   

2. Доменные архитектуры

Для описания доменных арихитектур мною был выполнен поиск по последовательности в сервисе Pfam.

Рисунок 2. Найденные доменные архитектуры.

Как оказалось, исследуемый мною белок содержит только один домен – AhpC-TSA. Я рассмотрел различные оменные архитектуры с присутствием этого домена.

Архитектура	Названия доменов	# посл-й
	AhpC-TSA	15262
	DUF4369, AhpC-TSA	630
	DsbD, AhpC-TSA	292
	AhpC-TSA, 1-cysPrx_C, AhpC-TSA, 1-cysPrx_C	4
	AhpC-TSA, Glutaredoxin	4