С помощью сервиса CLuD было найдено 18 гидрофобных ядер, только три из которых (№№ 1, 10, 13) имели существенный размер. На мой взгляд, несмотря на то, что белок состоит из нескольких субъединиц, рассмотреть гидрофобное ядро только в одной из них было бы неверно, так как в таком случае становится неясно, действительно ли найденная гидрофобная поверхность играет какую-то функциональную роль в четвертичной структуре или просто участвует в связывании глобул друг с другом.
Гидрофобные ядра содержат 942 (из 4940) атома белка, что составляет 19% от общего количества атомов в белке.
Атомы в гидрофобном ядре расположены сравнительно плотно, аминокислоту окружают атомы на расстоянии 4-5Å. SAS (solvent accessible surface) практически везде [внутри белка] пересекается с Ван-дер-Ваальсовой поверхностью белка. Рассмотренный мною аминокислотный остаток Phe из гидрофобного ядра не экспонирован, однако на основании таких небольших данных трудно сделать более широкие выводы.
Молекула воды поместиться в пространство внутри гидрофобного ядра (4-5Å), скорее всего, не сможет. Действительно, Ван-дер-Ваальсов радиус углерода - 1.7Å, воды - 1.4Å (По Ли — Ричардсу). 1.7 + 1.4*2 + 1.7 = 6.2 (Å), что больше 4Å.
Было вполне очевидно, что белок, представленный в pdb-файле (PDBid = 5KFB), скорее всего, представляет собой некую ДНК-полимеразу или другой белок, участвующий в репликации ДНК. Так и оказалось.[1]
В приложенном видео показана реакция, идущая по механизму нуклеофильного замещения SN2[2]