Uniprot

Практикум №5

Uniprot ID Y2262_MYCBO
Uniprot AC P65689; Q10520; X2BK87
Refseq ID NP_855911.1
WP_003411527.1
PDB ID* 1XVW
1XXU
4X0X
4X1U
4XIH
5C04
5ID2
Длина 153 AA
Молекулярная масса 16819 Da
Рекомендуемое название Putative peroxiredoxin Mb2262c
(Предполагаемая пероксидредуктаза Mb2262c)

*PDB ID Взяты для полностью совпадающего белка Mycobacterium tuberculosis. Они имеют общий RefSeq ID: WP_003411527.1.

Комментарий к таблице:

Последовательность белка была получшена с помощью метода масс-спектрометрии высокого разрешения. Длина белка составляет 153 позиции, при этом средняя масса аминокислотного остатка составляет примерно 16819/153 = 109,9 Da, то есть средний радикал остатка имеет массу ~ 110 - (12 + 16 + 14 + 1 + 12) = 55 (Da).

Структура белка известна полностью и представлена в различных записях PDB двумя (1XVW; 4X1U; 4XIH; 5C04) и четырьмя (1XXU; 4X0X; 5ID2) цепями.

Указано значение данного белка для Mycobacterium: в частности, он придаёт им устойчивость к моноксиду азота, вырабатываемому макрофагами зараженного организма.

Кластеры:

  1. UniRef100_P9WIE2. Содержит 19 белков, все они принадлежат организмам рода Mycobacterium, большинство - Mycobacterium tuberculosis как наиболее изученному виду в этом роде.
  2. UniRef90_P9WIE2. Кластер содержит уже 48 белков, но, несмотря на меньшее сходство, все они также принадлежат организмам рода Mycobacterium.
  3. UniRef50_P9WIE2. Данный кластер содержит значительно большее количество описанных белков - 1062, из них 438 из архива UniParc. Представлены белки разных родов организмов, в частности: Mycobacterium, Streptomyces, Rhodococcus, Pseudonocardia.

Несмотря на большие количества белков (особенно в третьем кластере), во всех трех кластерах оказалось лишь три белка из базы данных Swiss-Prot; общие для этих кластеров. Возможно, это позволяет судить о меньшей степени достоверности машинных записей TrEMBL по сравнению с проверенными данными Swiss-Prot.

Результаты поиска:



© Arsenii Loginovskii, 2016-2017
Лого ФББ