Рисунок 1. CP014583.1 (CFSAN004176) против CP025268.1 (K-12)
Рисунок 2. CP012802.1 (WS4202) против CP025268.1 (K-12)
Рисунок 3. CP014583.1 (CFSAN004176) против CP012802.1 (WS4202)
Материал анализа – геномы бактерии Escherichia coli.
Идентификаторы:
CP025268.1 – EC strain K-12 substr. MG1655
CP014583.1 – EC strain CFSAN004176
CP012802.1 – EC O157:H7 strain WS4202
Для анализа использовался метод BLAST two sequences.
Рисунок 1. CP014583.1 (CFSAN004176) против CP025268.1 (K-12)
Рисунок 2. CP012802.1 (WS4202) против CP025268.1 (K-12)
Рисунок 3. CP014583.1 (CFSAN004176) против CP012802.1 (WS4202)
Для каждой пары выбранных геномов BLAST показал параметр идентичности более 99%.
Покрытие:
CFSAN004176 покрыт K-12 на 82%
WS4202 покрыт K-12 на 78%
WS4202 покрыт CFSAN004176 на 87%
Рассмотрим геномные перестройки относительно K-12.
В штамме CFSAN004176 происходит одна крупная инверсия длиной приблизительно 1M п.о.
В штамме WS4202 происходит две перестройки: крупная инверсия, аналогичная рассмотренной выше и меньшая [обратная] инверсия внутри нее длиной ~300K п.о.