Комплексы ДНК-белок
Практикум №3
Предсказание вторичной структуры тРНК
С помощью программ find_pair, einverted и RNAfold были получены следующие результаты:
| Участок структуры | Позиции в структуре (find_pair) |
Результаты предсказания (einverted) |
Результаты предсказания (Алгоритм Зукера) |
| Акцепторный стебель | 5'-901-907-3' 5'-966-972-3' 7 пар |
Предсказаны все 7 | Предсказаны все 7 |
| D-стебель | 5'-910-912-3' 5'-923-925-3' 3 пары |
Не предсказаны | Предсказаны все 3 |
| T-стебель | 5'-949-954-3' 5'-958-965-3' 6 пар |
Не предсказаны | Предсказано 5 пар |
| Антикодоновый стебель | 5'-926-931-3' 5'-939-944-3' 6 пар |
Не предсказаны | Предсказано 5 пар |
| Общее число канонических п.н. | 21 | 25 | 20 |
Рисунок 1. Структура, предсказанная по алгоритму Зукера
Поиск НК-белковых контактов
Скрипт, последовательно показывающий: изображение всей структуры; только ДНК в проволочной модели; той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов. (Апплет вставлять не представляется возможным из-за повреждения исполняемых файлов на хост-сервере VSBG)
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 7 | 11 |
| остатками фосфорной кислоты | 13 | 1 | 14 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 4 | 0 | 4 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Рисунок 2. Наиболее интересная часть структуры из схемы nucplot
Аминокислотный остаток, имеющий наибольшее число контактов с НК, – Arg118 – выделен на изображении красным прямоугольником. Его же я считаю наиболее важным остатком, обеспечивающим связывание белка с НК, исходя из того, что он занимает центральное положение в контакте нуклеиновой кислоты с белком.
Рисунок 3. Взаимодействие остатка Arg118 с ДНК
Рисунок 4. Пояснение ключевой роли Arg118 в контакте белка с большой бороздкой ДНК.
© Arsenii Loginovskii, 2016-2018
