Чтение последовательностей по Сэнгеру

Практикум №6

Исправление ошибок в ридах

С помощью программы Unipro UGENE был проведён анализ последовательности ДНК, прочитанной по Сэнгеру.
Исправленную объединённую последовательность вы можете найти здесь.
Проект JalView с выравненными прямой и обратной последовательностями - здесь.
Исходные файлы прямого и обратного прочтения.

Анализ ошибок


Рисунок 1. Исправленные плохие места в риде.

Пояснение: Из-за в целом низкого уровня шума хроматограммы маловероятно, что данные пики являются случайными зашумлениями. Следовательно, будем считать данные сигналы нешумовыми и примем их в рассмотрение.

Характеристика хроматограммы

Нечитаемые хроматограммы


Рисунок 2. Нечитаемая хроматограмма.

Пояснение: Данная хроматограмма оказалась испорченной из-за пятна красителя, попавшего в форез.


© Arsenii Loginovskii, 2016-2018
Лого ФББ