EMBOSS

4. Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода:
   transeq coding1.fasta coding1prot.fasta -table 0

   ---

5. Транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках:
   transeq coding.fasta codingprot.fasta -frame 6

   ---

6. Перевести выравнивание из формата fasta в формат msf
   seqret fasta::alignment.fasta msf::alignment.msf

   ---

7. Выдать в файл число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными:
   infoalign alignment.fasta -refseq 2 -outfile inforef.tab -only -name -idcount

   ---

8. Перевести аннотации особенностей в записи формата .gb в табличный формат .gff:
   featcopy chromosome.gb -outfeat chromosome.gff

   ---

9. Из данного файла с хромосомой в формате .gb получить fasta файл с кодирующими последовательностями; в описании каждой последовательности должна присутствовать функция белка:
   extractfeat chromosome_full.gb -type cds -describe product -outseq chr2cds.fasta

   ---

10. Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности:
    shuffleseq coding.fasta codingshuffled.fasta

    ---

11. Для случайной последовательности проверить с помощью blastn сколько «достоверных» находок (E-value < 0.1) находится в нуклеотидном банке данных:
    makenucseq -amount 1 -length 100 -outseq random.fasta
    blastn -task blastn -query random.fasta -db nt -out random.blastn -evalue 10.0 -outfmt 7 -remote #evalue 10.0 is used to prove result list not empty

    ---

12. Найти все открытые рамки длиной более X в бактериальной хромосоме:
    getorf -sequence chromosome_full.gb -outseq openframes.fasta -circular -table 11 -minsize 1000 #for X = 1000

    ---

13. Найти частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях:
    cusp coding.fasta coding.tb

    ---

14. Найти частоты динуклеотидов в хромосоме человека, сравните их с ожидаемыми:
    wordcount hs_ref_GRCh38.p7_chr22.fa -wordsize 1 -outfile wc1.txt
    wordcount hs_ref_GRCh38.p7_chr22.fa -wordsize 2 -outfile wc2.txt
    # OR
    compseq hs_ref_GRCh38.p7_chr22.fa compseq.txt

    ---

15. Выровнять кодирующие последовательности соответственно выравниванию кодируемых ими белков:
    tranalign -aseq 13/gene_sequences.fasta -bseq 13/protein_alignment.fasta -outseq 13/newaln.fasta

    ---

16. Построить локальное множественное выравнивание трех нуклеотидных последовательностей:
    edialign 3randseqs.fasta -outseq 3rsnew.fasta -outfile 3rsnew.ea

    ---

17. Удалить символы гэпов и другие посторонние символы из последовательности:
    degapseq alignment.fasta unalignment.fasta

    ---

18. Перевести символы конца строки в формат UNIX:
    noreturn hallam.txt hallam2.txt

    ---

19. Создать три случайных нуклеотидных последовательностей длиной 100:
    makenucseq -amount 3 -length 100 -outseq 3randseqs.fasta

    ---

20. Файл с ридами в формате fastq перевести в формат fasta:
    seqret sra_data.fastq fasta::sra_data.fasta

    ---

P.S.: На Kodomo не обновлён BLAST+ и не умеет подключаться к удалённым серверам по SSL. Это решается обновлением BLAST+ до версии 2.6+. Иначе задание 11 невыполнимо в standalone blast.