Филогенетическое дерево

Практикум №1

Отобранные бактерии

Название Мнемоника Таксономия
Enterobacter sp. 638 ENT38 Bacteria, Proteobacteria, Gammaproteobacteria,
Enterobacterales, Enterobacteriaceae, Enterobacter
Escherichia coli ECOLI Bacteria, Proteobacteria, Gammaproteobacteria,
Enterobacterales, Enterobacteriaceae, Escherichia
Proteus mirabilis PROMH Bacteria, Proteobacteria, Gammaproteobacteria,
Enterobacterales, Morganellaceae, Proteus
Haemophilus influenzae HAEIN Bacteria, Proteobacteria, Gammaproteobacteria,
Pasteurellales, Pasteurellaceae, Haemophilus
Pasteurella multocida PASMU Bacteria, Proteobacteria, Gammaproteobacteria,
Pasteurellales, Pasteurellaceae, Pasteurella
Vibrio fischeri VIBFM Bacteria, Proteobacteria, Gammaproteobacteria,
Vibrionales, Vibrionaceae, Aliivibrio
Neisseria meningitidis NEIMA Bacteria, Proteobacteria, Betaproteobacteria,
Neisseriales, Neisseriaceae, Neisseria
Bradyrhizobium diazoefficiens BRADU Bacteria, Proteobacteria, Alphaproteobacteria,
Rhizobiales, Bradyrhizobiaceae, Bradyrhizobium

Newick tree

((((((ENT38,ECOLI),PROMH),(HAEIN,PASMU)),VIBFM),NEIMA),BRADU);


Рисунок 1. Изображение дерева.

Ветви дерева

Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей, некоторые из них выделяют следующие таксоны:
{ENT38,ECOLI} vs. {PROMH,HAEIN,PASMU,VIBFM,NEIMA,BRADU} – Taxon Enterobacteriaceae
{ENT38,ECOLI,PROMH} vs. {HAEIN,PASMU,VIBFM,NEIMA,BRADU} – Taxon Enterobacteriales
{HAEIN,PASMU} vs. {ENT38,ECOLI,PROMH,VIBFM,NEIMA,BRADU} – Taxon Pasteurellaceae
{ENT38,ECOLI,PROMH,HAEIN,PASMU} vs. {VIBFM,NEIMA,BRADU}
{ENT38,ECOLI,PROMH,HAEIN,PASMU,VIBFM} vs. {NEIMA,BRADU} – Taxon Gammaproteobacteria

Эволюция гомологов CLPX_ECOLI


Рисунок 2. Дерево гомологов CLPX_ECOLI Реконструкция проводилась с помощью алгоритма fastme (ME).

Разными цветами на дереве отмечены группы паралогов.
Дубликация происходит, например, при разделении HSLU и CLPX (красный и жёлтый) и AROK и RUBV (фиолетовый и розовый).
Разделение путей эволюции в результате видообразования.
Такое событие происходит, например, при отделении этеробактерий (появление белка MIAA). Скорее всего дублицировался белок CLPB. Другой пример – видообразование бактерии с мнемоникой PASMU (появляются белки FTSH и COMM).

© Arsenii Loginovskii, 2016-2018
Лого ФББ