Геномное окружение. База данных GO.
Практикум №11
Получение информации о COG
Для тренировки был выбран белок ALV11282.1 (peroxiredoxin).
Был проведен поиск информации о COG этого белка в сервисе CDD.
Данный белок определился как принадлежащий COG Bcp (Accession COG1225). E-value находки равен 9.90·10-49
Интервал нахождения COG: 1 – 153. Длина всего белка при этом составляет 153 а.о.
Название категории: Peroxiredoxin [Posttranslational modification, protein turnover, chaperones] (Пероксидредуктаза [Посттрансляционная модификация, белковый цикл, шапероны])
Визуализация геномного окружения
Рисунок 1. Геномное окружение COG1225 в сервисе COGNAT.
В выданной группе белков консервативное окружение не наблюдается
Отнесение белка ALV11282.1 из Mycobacterium bovis к терминам GO
С помощью инструмента AmiGO в БД GO был обнаружен наиболее похожий белок: 2-Cys peroxiredoxin A. Он принадлежит организму Arabidopsis thaliana, который относится даже к другому домену (Эукариоты vs. бактерии).
Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot:Q96291
| Аспект | GO ID | Термин | Перевод термина | Код типа достоверности |
| biological process | GO:0045454 | cell redox homeostasis | Гомеостаз RedOx в клетке | IEA |
| biological process | GO:0042742 | defense response to bacterium | Имунный ответ на бактерии | IEP |
| biological process | GO:0055114 | oxidation-reduction process | Процесс окисления-восстановления | IEA |
| biological process | GO:0009409 | response to cold | Ответ на холод | IEP |
| cellular component | GO:0048046 | apoplast | Апопласт | IDA |
| cellular component | GO:0009857 | chloroplast | Хлоропласт | ISM, IDA, IDA |
| cellular component | GO:0045454 | chloroplast envelope | Оболочка хлоропласта | IDA |
| Код типа достоверности | Расшифровка | Объяснение |
| IEA | Inferred from Electronic Annotation | Автоматическая аннотация |
| IEP | Inferred from Expression Pattern | Взято по информации экспрессии |
| IDA | Inferred from Direct Assay | Взято из статьи |
| ISM | Inferred from Sequence Model | Белок входит в модель последовательности (например, HMM) |
© Arsenii Loginovskii, 2016-2018
