Асимметрическая и биологическая единицы

Выбор белков для анализа

Для анализа я провел расширенный поиск по базе данных PDB.

Запрос:
number of chains (asymm. unit):
from X to X
number of chains (biol. assembly):
from Y to Y

---

Запросы формировались при парах (X, Y) = (2, 4) и (4, 2).

Анализ белков

Было найдено 9112 белков с 2 цепями в асимметрической единице и 4 цепями в биологической. (В таких случаях биологическая единица белка обладает одним из видов симметрий, присущих кристаллам; обычно это центральная симметрия)

В качестве примеров было взято 2 белка: структура инсулина (6OR0) и структура пируваткиназы (6ECK)

Рисунок 2, 3. Биологическая и асимметрическая единицы инсулина (PDB ID 6OR0).

Рисунок 4, 5. Биологическая и асимметрическая единицы пируваткиназы (PDB ID 6ECK).

Было найдено 8138 белков с 4 цепями в асимметрической единице и 2 цепями в биологической.

В качестве примеров было взято 2 белка: структура N-концевой аспарагинаминогидролазы (6A0F) и структура транскрипционного фактора WhiB1 (6ONO)

Рисунок 6, 7. Биологическая и асимметрическая единицы N-концевой аспарагинаминогидролазы (PDB ID 6A0F).

Рисунок 8, 9. Биологическая и асимметрическая единицы транскрипционного фактора WhiB1 (PDB ID 6ONO).