Для анализа я выбрал все тот же белок AhpE (Alkyl hydroperoxide reductase E) с PDB ID 5ID2.
Вторичную структуру я решил проанализировать с помощью онлайн-версии сервиса Stride.
Были получены три различные выдачи Stride. Вы можете посмотреть на них тут:
Было произведено сравнение аннотированных границ элементов вторичной структуры в PDB и полученных с помощью сервиса Stride. Результаты сравнения приведены в Таблице 1.
| № | Тип структуры (PDB) | Тип структуры (Stride) | Начало (PDB) | Конец (PDB) | Начало (Stride) | Конец (Stride) | Комментарий |
| 1 | HELIX (5) | 310Helix | (ch.*) ARG 24 | (ch.*) ARG 27 | (ch.*) LEU 23 | (ch.*) TYR 26 | Структура "съехала" на 1 остаток к N-концу. Аналогичные отличия присутствуют в цепях B, C и D кристаллической единицы. |
| 2 | HELIX (1) | AlphaHelix | (ch.*) THR 42 | (ch.*) HIS 55 | (ch.A,D) GLN 46 (ch.B,C) GLY 43 |
(ch.*) HIS 55 | Первые 1-4 аминокислотных остатка, по-видимому, формируют структуру нечетко. Определяются Stride по-разному в разных цепях. |
| 3 | SHEET | Strand | (ch.*) SER 64 | (ch.*) SER 70 | (ch.*) SER 64 | (ch.*) SER 70 | Структура устойчивая. |
| 4 | SHEET | Strand | (ch.A,B,C) ARG 116 (ch.D) GLY 117 |
(ch.*) VAL 121 | (ch.A,B,C) ARG 116 (ch.D) GLY 117 |
(ch.*) VAL 121 | В цепи D кристаллической единицы структура, вероятно, менее устойчива. |
| 5 | — | Bridge | — | (ch.*) ASN 61 | Вероятно, эта структура из-за своей короткой длины не аннотирована в PDB. | ||
Таблица 1. Сравнение аннотации вторичной структуры в PDB и Stride