Построение и анализ поверхностей в PyMOL

Построение поверхности белка

С помощью PyMol была построена поверхность белка BupsA.

Рисунок 1. Общий вид и молекулярная поверхность белка BupsA (PDB ID 6UHW).

Рисунок 2. Общий вид и молекулярная поверхность белка BupsA (PDB ID 6UHW). Типы атомов выделены цветами (белый - водород, красный - кислород, синий - азот, желтый - сера)

Подсчет зависимости площади молекулярной поверхности от площади SAS

Для каждой модели было вычислено значение площади молекулярной поверхности и доступной для растворителя поверхности (SAS). Для них было построено три графика:

Рисунок 3, 4. Графики площадей поверхности для каждой модели. Слева данные по молекулярной поверхности, справа - по поверхности, доступной для растворителя (SAS).

Рисунок 5. График распределения SAS относительно молекулярной поверхности. Каждая точка соответствует одной модели.

---

Как мы видим, площади общей молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя, коррелируют не очень хорошо. Возможно, это связано с наличием более "открытой" и, наоборот, "закрытой" конформаций белка.

Выделение межцепочечных контактов

С помощью программы PyMol были выделены остатки каждой цепи, находящиеся на расстоянии не более 3.5Å от другой цепи. Для наборов этих остатков в каждой цепи были построены поверхности, раскрашенные разными цветами в зависимости от цепи.

Рисунок 6. Поверхности межцепочечных контактов на схематичном виде структуры белка.

Рисунок 7, 8. Изображения поверхностей межцепочечных контактов с разных сторон.

По полученным изображением видно, что каждая цепь белка тесно связана и почти целиком контактирует с другой цепью. Поверхности межцепочечных контактов неоднократно соприкасаются и фактически соответствуют друг другу.