Практикум 1. Знакомство с PyMol

In [1]:
import numpy as np
from IPython.display import Image
In [2]:
import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]

import pymol
pymol.finish_launching()
from pymol import cmd, stored

cmd.do('''
fetch 1cll, async=0
as lines, n. C+O+N+CA
zoom i. 4+5
mset 1 x1000
mview store''')

Модель подгрузилась. Лицензию добыл и тоже загрузил, поэтому водяных марок не будет :)

Сохраним картинку и посмотрим на нее:

In [3]:
cmd.png('1cll.png')
In [4]:
Image(filename='1cll.png')
Out[4]:

Посмотрим, как происходит итерация по остаткам:

In [5]:
stored.r = [] 
cmd.iterate('1cll and n. CA','stored.r.append(resi)')

length = len(stored.r)
colors = np.linspace(1,0.5, length)
for k,i in enumerate(stored.r):
    cmd.set_color('col%d' %k, [colors[k],0.5,0.75])
    print([1,1,colors[k]])
    cmd.set('cartoon_color','col%d' % k ,'resi %d' % int(i))
cmd.show_as('cartoon','all')
In [6]:
cmd.png('1cll_2.png')
In [7]:
Image(filename='1cll_2.png')
Out[7]:

Пытаемся сделать movie:

In [8]:
for i in range(len(stored.r)):
    cmd.frame((10*i)+1)
    cmd.zoom( 'n. CA and i. %d+%d' % (i,i+7))
    cmd.mview('store')

Ура! Все отображается в окне PyMol при нажатии Play!