Практикум 10

Я взял за базовую последовательность для задания геном бактерии, о которой делал миниобзор на первом курсе - Spiroplasma citri (RefSeq ID: NZ_CP013197.1). Далее я нашел её родственника Spiroplasma poulsonii (RefSeq ID: NZ_CM020866.1), выравнивание с геномом которого различается при использовании двух разных алгоритмов BLAST. Их геномы можно найти на сайте https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/, введя таксономическое название организма в поиск. Выравнивание алгоритмом megablast приведено на картинке 1. Выравнивание алгоритмом blastn - на картинке 2.

megablast_out

Рисунок 1.Выравнивание генома Spiroplasma citri (ось Х) против генома Spiroplasma poulsonii (ось Y) с помощью алгоритма megablast.

blastn_out

Рисунок 2.То же выравнивание алгоритмом blastn.

Видно, что blastn нашел намного больше фрагментов локального выравнивания двух геномов. Эти фрагменты зачастую выравнены по вертикальной или по горизонтальной прямой. Значит, в одном из геномов этот фрагмент многократно повторяется. И вот эти повторы blastn улавливает в несколько раз чаще, чем megablast.