Практикум 3

Задание 1

С помощью программы fiber я сгенерировал A, B и Z-формы ДНК. Они доступны по ссылкам в виде pdb-файлов.

Задание 2

Для изучения я взял экспериментально установленную структуру B-формы ДНК, ее идентификатор PDB 1bna.

Я выбрал один из нуклеотидов в структуре. В сторону большой бороздки обращены атомы

  • [DT]8:A.O4 #158 12.858 17.317 4.503
  • [DT]8:A.C4 #157 11.876 18.060 4.551
  • [DT]8:A.C5 #159 10.569 17.611 4.765
  • [DT]8:A.C7 #160 10.261 16.140 4.896
  • [DT]8:A.C6 #161 9.545 18.548 4.904

    В сторону малой бороздки обращены атомы
  • [DT]8:A.N3 #156 12.094 19.403 4.412
  • [DT]8:A.C2 #154 11.086 20.316 4.494
  • [DT]8:A.N1 #153 9.823 19.876 4.759
  • [DT]8:A.O2 #155 11.324 21.516 4.389

    • nucl
    Рис. 1. Атомы тимина, обращённые в сторону малой (синим) и большой (красным) бороздок.

    Далее я рассмотрел все три формы ДНК на примере экспериментально полученных структур, в таблицу занес некоторые данные о них.

    А-форма В-форма Z-форма
    Тип спирали (правая или левая) Правая Правая Левая
    Шаг спирали (Å) 30 30 43
    Число оснований на виток 11 10 12
    Ширина большой бороздки (Å) 17.61(от фосфата 7 нуклеотида до 23) 17.77 (от 7 до 15 остатка) 15.72 (от 3 до 9 остатка)
    Ширина малой бороздки (Å) 8.32 (от фосфата 3 остатка до 16) 9.77 (от фосфата 9 основания до 20) 8.2 (от фосфата 4 до фосфата 12)

    Задание 3

    В этом задании я работаю со структурой тРНК с идентификатором 1h3e. Координаты стеблей в структуре тРНК:

    • 1-7 по одной цепи и 72-66 по другой
    • 49-54 по одной цепи и 65-58 по другой
    • 36-44 и 33-26
    • 10-14 и 25-21
    Также есть 9 неканонических пар оснований: 54T--A58, 55P--G18, 37A--C32, 44U--G26, 13G--A22, 14A--A21, 36A--U33, 15G--C48, 20A--U47.

    Есть несколько стабилизирующих структуру водородных связей: P55--18G, G15--48C, G19--56C, A20--47U.