Алгоритм Зукера

При помощи http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi была получена структура РНК с пятью стеблями.

Проведем сравнение экспериментально определенной структуры РНК и полученной при помощи двух приведенных алгоритмов

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted (номера нуклеотидов, соответствующие стеблю)	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	1-7 и 72-66	1-7 и 82-76	1-7 и 82-76
D-стебель	10-14 и 25-21	не предсказан	10-12 и 24-26
T-стебель	49-54 и 65-58	не предсказан	59-63 и 71-75
Антикодоновый стебель	33-26 и 36-44	не предсказан	27-32 и 40-45
Общее число канонических пар нуклеотидов в стеблях	19	7	23

Задание 2 Поиск ДНК-белковых контактов в структуре 1pp7

Упражнение 1

В этом упражнении надо было с помощью команды define JMol:

Определить множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1).

Определить множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2).

Определить множество атомов азота в азотистых основаниях (set3).

Создать скрипт-файл, вызов которого в JMol даст последовательное изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3

Упражнение 2

Контакты разного типа в комплексе 1pp7.pdb

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	5	23	28
остатками фосфорной кислоты	9	34	43
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	2	7	9
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	2	1	3

Из полученных данных я делаю вывод, что белок взаимодействует в основном неспецифически с остовом, но есть контакты и с азотистыми основаниями в обеих бороздках, больше в большой.

Упражнение 4

Наибольшее число контактов на схеме у Серина 26 - три контакта, все они через водные мостики, два из них с остовом, один с азотистым основанием. Но наиболее важен для распознавания последовательности ДНК остаток Аспарагин 81, который имеет два контакта с азотистыми основаниями, по одному на каждой цепи ДНК.

Визуализация

Отмечены водородные связи и их длина. Серин 26 (его остов выделен лаймовым) образует три водяных мостика - два с кислородами в составе фосфатов остова, третий с тимином 28 нуклеотида в Е цепи.