| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating (EC 1.1.1.44) | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1718.0 | 70.0% | 83.4% | 3 | 3 |
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha (ACCase subunit alpha) (Acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit alpha) (EC 2.1.3.15) | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 814.5 | 51.1% | 66.0% | 14 | 4 |
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta (ACCase subunit beta) (Acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit beta) (EC 2.1.3.15) | ACCD_ECOLI | ACCD_BACSU | 597.0 | 41.3% | 58.4% | 36 | 7 |
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating (EC 1.1.1.44) | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1719.0 | 70.1% | 83.6% | 3 | 3 | 100% | 100% |
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha (ACCase subunit alpha) (Acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit alpha) (EC 2.1.3.15) | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 823.5 | 53.8% | 69.6% | 3 | 2 | 97.8% | 96.0% |
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta (ACCase subunit beta) (Acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit beta) (EC 2.1.3.15) | ACCD_ECOLI | ACCD_BACSU | 614.0 | 48.5% | 66.5% | 5 | 3 | 85.5% | 89.6% |
| Protein Name 1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase (5-FCL) (EC 6.3.3.2) (5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase) (MTHFS) | Protein names High-affinity zinc uptake system binding-protein ZnuA | 5FCL_ECOLI | ZNUA_BACSU | 8.5 | 8.9% | 14.7% | 263 | 11 | - | - |
| 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase (5-FCL) (EC 6.3.3.2) (5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase) (MTHFS) | Protein names High-affinity zinc uptake system binding-protein ZnuA | 5FCL_ECOLI | ZNUA_BACSU | 27.5 | 29.0% | 45.2% | 5 | 2 | 17.0% | 9.7% |
В глобальном выравнивании у 5FCL_ECOLI и ZNUA_BACSU очень низкий процент идентичности и очень большое число гэпов. В локальном выравнивании больший процент идентичности объясняется очень маленьким покрытием: выравнивание захватывает только 31 аминокислоту.
Для выполнения этого задания я выбрал мнемонику ACCA, которая соответствует альфа субъединице ацетил-КоА-карбоксилазы (Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha)(далее - ACCA). Этот фермент осуществляет карбоксилирование ациетил-КоА с образованием малонил-КоА, который в дальнейшем участвует в реакциях синтеза жирных кислот. С помощью поиска в UnoProt были выбраны следующие белки для выравнивания: ACCA_ECOLI, ACCA_BACSU, ACCA_ANTSP, ACCA_ARATH, ACCA_NEOYE, ACCA_PEA, ACCA_PORPU. Эти идентификаторы были введены в текстовый файл и с помощью команды seqret был создан fasta-файл. После этого была запущена программа muscle и файл с выравниванием загружен в Jalview и колонки раскрашены по проценту идентичности. Ссылка на проект выравнивания в Jalview
Первое что бросается в глаза, это то, что ACCA_PEA (Pisum sativum) и ACCA_ARATH (Arabidopsis thaliana) имеют длину почти в два раза больше, чем другие вышеперечисленные ACCA (~800 и ~300 а.к. соответсвенно). Я просмотрел записи этих белков в UniProt и обнаружил, что все остальные белки, кроме ACCA_PEA и ACCA_ARATH, принадлежат бактериям (ACCA_ECOLI, ACCA_BACSU) и водорослям (ACCA_ANTSP, ACCA_NEOYE, ACCA_PORPU). А ACCA_PEA и ACCA_ARATH - высшим растениям. Предполагаю, что различие по длине объясняется этим.
Посмотрев на выравнивание, можно сказать, что наиболее консервативный участок располагается с 170 по 360 аминокислоту (далее - а.к.), там наибольшая идентичность. Так же, из-за разницы в длинах у ACCA низших растений и бактерий по бокам располагаются большие ГЭПы: с 0 по 90 а.к. и с 411 по 915. В месте выравнивания коротких ACCA с длинными (т.е. где нет длинных ГЭПов), по бокам располагаются малоконсервативные учатски (с 90 по 170 а.к. и с 360 по 411).