назад

Программа BlastP http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/

Код доступа белка PURT_ECOLI - P33221

Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка PURT_ECOLI в разных БД:

  Поиск по БД Swiss-Prot Поиск по БД PDB Поиск по БД "nr"
Лучшая находка
Идентификатор БД PURT_ECOLI(P33221) (соответсвует заданному белку) 1EYZ Chain A (кластеризован с 1EYZ Chain B, 1EZ1 Chain A, 1EZ1 Chain B ) (белок гомодимер - цепи A и B одинаковы) (соответсвует заданному белку) NP_416363.1 (кластеризован с еще несколькими записями) (соответсвует заданному белку)
E-value 0.0 0.0 0.0
Вес (в битах) 796 796 796
% идентичности 100% 100% 100%
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах? Найдено еще 12 белков с значением E-value=0.0, но выравнивания с ними обладают меньшим весом (например PURT_SHIBS(Q322G6.1) (вес=791, %идентичности=99%)-белок из родственного Escherichia coli организма Shigella boydii, относящегося к тому же семейству энтеробактерий) Найден еще 1 белок с E-value=0.0, но вес выравнивания меньше=793, процент идентичности=100%, это тот же белок из того же организма, но 1 а.о. - N-формилметионин отщеплена, что часто бывает после трансляции. 1KJ8 Chain A , вместе с ним кластеризованы еще несколько структур с различными лигандами: Mg, АТФ, негидролизуемыми аналогами АТФ, GAR - субстратом. Найдено еще 50 белков с E-value=0.0, но вес выравнивания меньше для всех
Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний, Descriptions, с E-value < 1E-10) 190 6 1203
"Худшая" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний (Descriptions) 406 14 2522
Идентификатор БД ACCC_BACHD(Q9KDS9.1) 2VQD Chain A , с ним кластеризованы еще 2 структуры P29753.1|VANC_ENTGA
E-value 0.98 0.21 0.99
Вес (в битах) 34.7 32.7 38.5
% идентичности 22% 23% 27%
% сходства 38% 39% 41%
Длина выравнивания 323 203 221
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о. белка query (заданный белок - запрос); затем белка sbjct (сравниваемый белок)) 14, 311; 4, 322 14, 194; 4, 198 94, 288; 109, 312
% гэпов 8% 14% 19%

Белок PURT_ECOLI удалось найти во всех 3 БД. Параметры выравнивания изучаемого белка с самим собой при поиске по разным БД не отличаются.

При поиске в некурируемой безызбыточной БД ("nr") найдено больше всего потенциальных гомологов (1203) из-за того, что эта БД самая большая, меньше потенциальных гомологов (190) найдено в курируемой базе данных Swiss-Prot, где содержатся меньше записей, ведь аннотирование последовательностей белков - процесс трудоемкий. Меньше всего потенциальных гомологов найдено в базе данных пространственных структур белков PDB, она самая маленькая, поскольку для получения третичной структуры белка необходимо его выделить, закристаллизовать и провести рентгеноструктурный анализ, что еще сложнее. Записи PDB на сайте NCBI, как правило, кластеризованы со структурами тех же белков, но с другими лигандами.

"Худшие" гомологи белка различны. Лучший гомолог найден в базе данных PDB (самое низкое E-value=0.21), однако база данных PDB - самая маленькая, а E-value прямо пропорционален размеру базы данных, поэтому возможно лучший гомолог найден в базе данных "nr", ведь E-value находки больше в 5 раз, в то время как размр базы данных "nr" больше PDB в большее число раз. В пользу этого говорит и то, что %идентичности и %сходства находки из "nr" выше.

Поиск гипотетических гомологов белка PURT_ECOLI в организмах таксона филогенетически далекого от E. coli:

Поиск по таксону Человек разумный (Homo sapiens (taxid:9606))
  Поиск по БД Swiss-Prot Поиск по БД "nr"
Идентификатор БД P31327.2|CPSM_HUMAN dbj|BAD92974.1
E-value 4e-04 1e-04
Вес (в битах) 42.7 47.0
% идентичности 20% 24%
% сходства 44% 44%
Длина выравнивания 207 188
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о. белка query (заданный белок - запрос); затем белка sbjct (сравниваемый белок)) 86, 283; 1060, 1259 13, 183; 66, 253
% гэпов 7% 9%
Идентификатор БД Q96RQ3.3|MCCA_HUMAN dbj|BAA14328.1
E-value 0.001 8e-04
Вес (в битах) 41.2 44.3
% идентичности 21% 20%
% сходства 44% 46%
Длина выравнивания 187 206
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о. белка query (заданный белок - запрос); затем белка sbjct (сравниваемый белок)) 13, 186; 50, 236 86, 283; 1060, 1259
% гэпов 13% 6%

Найденные гомологи - митохондриальные белки человека, их близость к бактериальному белку согласуется с теорией симбиогенеза митохондрий.

В базе данных PDB гомологи с E-value <=0.001 не найдены.

Как видно из выравниваний белок P31327.2|CPSM_HUMAN и dbj|BAA14328.1 очень похожи, посмотрим на их выравнивание: E-value=0.0, вес (в битах) = 3069, % идентичности = 98%, % сходства = 99%, длина выравнивания = 1500, % гэпов = 0%

Заметим также, что E-value выравниваний этих белков с заданным белком PURT_ECOLI отличаются в 2 раза (в "nr" больше), а поскольку белки с которыми сравнивается PURT_ECOLI отличаются незначительно, и E-value прямо пропорционален размеру базы данных, база данных "nr" больше Swiss-Prot в 2 раза.

Поиск по таксону Archaea (taxid:2157) (царство)
  Поиск по БД Swiss-Prot Поиск по БД PDB Поиск по БД "nr"
Идентификатор БД Q58881.2|PURT_METJA pdb|2CZG|A , с ним кластеризованы еще несколько записей структур белков с разными лигандами NP_248492.1
E-value 1e-125 2e-100 9e-125
Вес (в битах) 444 357 444
% идентичности 57% 49% 57%
% сходства 72% 63% 72%
Длина выравнивания 389 404 389
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о., сначала координаты белка PURT_ECOLI, затем найденного белка) 4, 303; 3, 302 4, 391; 11, 414 4, 391; 7, 393
% гэпов примерно 0% 3% примерно 0%

Поиск по таксону Actinobacteria (taxid:201174) (отдел)
  Поиск по БД Swiss-Prot Поиск по БД "nr"
Идентификатор БД sp|A4QHG1.1|PURT_CORGB , сним кластеризован белок sp|Q8NM23.2|PURT_CORGL из близкого организма ref|YP_002779151.1 , с ним кластеризован белок dbj|BAH50206.1 из родственного организма
E-value 1e-125 1e-125
Вес (в битах) 444 449
% идентичности 57% 60%
% сходства 71% 72%
Длина выравнивания 396 393
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о., сначала координаты белка PURT_ECOLI, затем найденного белка) 4, 391; 7, 401 4, 389; 9, 400
% гэпов 2% 2%

Поиск по таксону Actinobacteria (taxid:201174) в базе данных PDB не дал результатов (для E-vakue<=0.001), что и понятно, ведь размер базы данных PDB меньше, и вероятность встретить там гомолога белку - меньше.

Alteromonadales (taxid:135622) (порядок)
  Поиск по БД Swiss-Prot Поиск по БД "nr"
Идентификатор БД sp|Q0HS20.1|PURT_SHESR ref|ZP_01898754.1
E-value 7e-157 4e-161
Вес (в битах) 547 565
% идентичности 67% 70%
% сходства 81% 83%
Длина выравнивания 389 390
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о., сначала координаты белка PURT_ECOLI, затем найденного белка) 3, 390; 1, 389 3, 390; 1, 390
% гэпов примерно 0% примерно 0%

В базе данных PDB гомологов опять не найдено.

Поиск по таксону Vibrionaceae (taxid:641) (семейство)
  Поиск по БД Swiss-Prot Поиск по БД "nr"
Идентификатор БД sp|Q6LRI4.1|PURT_PHOPR ref|ZP_01223027.1
E-value 8e-164 2e-163
Вес (в битах) 570 573
% идентичности 70% 70%
% сходства 82% 83%
Длина выравнивания 389 389
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о., сначала координаты белка PURT_ECOLI, затем найденного белка) 3, 390; 1, 389 3, 390; 1, 389
% гэпов примерно 0% примерно 0%

Поиск гомологв по базе данных PDB не дал результата.

Белок широко распространен по разным таксонам, не является специфичным для E.coli.

Поиск белка по его фрагменту в Swiss-Prot:

Ищем белок по фрагменту DELVRIEQEGLATVVPTARATQ

  Поиск по фрагменту Поиск по полной
последовательности
АС лучшей находки Q8FMB3.2|PURT_COREF Q8FMB3.2|PURT_COREF - тот же белок
E-value 5e-13 0.0
Вес (в битах) 71.0 816
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах?
 нет, у остальных найденных последовательностей - вес меньше, а E-value больше Найден белок A4QHG1.1|PURT_CORGB с таким же значением E-value, но с меньшим весом (730)

Последовательность найденного белка в фаста-формате

Так как фрагмент белка короче его полной последовательности, вероятность найти фрагмент выше, поэтому в поиске по фрагменту E-value больше, по той же причине вес меньше - ведь количество сопоставленных аминокислотных остатков больше у выравнивания белка целиком, для фрагмента белка найдено небольшое число белков (8) с низким E-value (<=0.003, хотя это значение достаточно большое), для полного же белка их очень много (больше 250), что тоже вызвано большой вероятностью найти малое количество букв случайно.

Выравнивание найденного белка с белком PURT_ECOLI: E-Value = 3e-122, вес выравнивания = 438, %идентичности = 57%, %сходства = 70%, длина выравнивания = 397, координаты выравнивания (сначала найденный белок): 7, 402; 4, 392, %гэпов = 2%, интересно, что в одном кластере с изучаемым белком PURT_ECOLI идет белок Q3Z2K0.1|PURT_SHISS из родственного Escherichia coli организма Shigella sonnei (они относятся к одному семейству энтеробактерий).

Query - найденный белок PURT_COREF, Sbjct - изучаемый белок PURT_ECOLI 

Query  7    IGTPLSPNATKVMILGSGELGKEVTIAFQRLGVEVHAVDRYDNAPAHQVAHFSYVIDMTD  66
            +GT L P AT+VM+LGSGELGKEV I  QRLGVEV AVDRY +APA  VAH S+VI+M D
Sbjct  4    LGTALRPAATRVMLLGSGELGKEVAIECQRLGVEVIAVDRYADAPAMHVAHRSHVINMLD  63

Query  67   AAAVRELVTTIKPDFIIPEIEALATDELVRIEQEGLATVVPTARATQLTMNREGIRRLAS  126
              A+R +V   KP +I+PEIEA+ATD L+++E+EGL  VVP ARAT+LTMNREGIRRLA+
Sbjct  64   GDALRRVVELEKPHYIVPEIEAIATDMLIQLEEEGL-NVVPCARATKLTMNREGIRRLAA  122

Query  127  EELGLPTSGYEFCSTFEEFTAAAERLGYPNVVKPVMSSSGKGQSVVTSAEDLESAWEYAM  186
            EEL LPTS Y F  +   F  A   +GYP +VKPVMSSSGKGQ+ + SAE L  AW+YA 
Sbjct  123  EELQLPTSTYRFADSESLFREAVADIGYPCIVKPVMSSSGKGQTFIRSAEQLAQAWKYAQ  182

Query  187  SGARVSNQRVIVEQFVEFDYEITLLTVRGIDPATGKPATWFCEPIGHRQQDGDYVESWQP  246
             G R    RVIVE  V+FD+EITLLTV  +D         FC P+GHRQ+DGDY ESWQP
Sbjct  183  QGGRAGAGRVIVEGVVKFDFEITLLTVSAVD------GVHFCAPVGHRQEDGDYRESWQP  236

Query  247  MEMTAPALENARSVAARITNALGGRGVFGVELFVSGDDVYFSEVSPRPHDTGLVTLATQR  306
             +M+  ALE A+ +A ++  ALGG G+FGVELFV GD+V FSEVSPRPHDTG+VTL +Q 
Sbjct  237  QQMSPLALERAQEIARKVVLALGGYGLFGVELFVCGDEVIFSEVSPRPHDTGMVTLISQD  296

Query  307  FSEFELHAKAVLGLPV-DVTLTSPGASAVIYGGVDSPGVSYAGLAEALAVAETDVRLFGK  365
             SEF LH +A LGLPV  +    P ASAVI   + S  V++  +  A+  A+  +RLFGK
Sbjct  297  LSEFALHVRAFLGLPVGGIRQYGPAASAVILPQLTSQNVTFDNVQNAVG-ADLQIRLFGK  355

Query  366  PEAFTKRRMGVAVSTAEDTATARDRATLAAAAVTVHG  402
            PE    RR+GVA++TAE    A +RA  AA  V V G
Sbjct  356  PEIDGSRRLGVALATAESVVDAIERAKHAAGQVKVQG  392

При выравнивании вручную фрагмента белка PURT_ECOLI MLIQLEEEGLNVVPCARATKLT с фрагментом белка PURT_COREF DELVRIEQEGLATVVPTARATQ получено:

фрагмент белка PURT_ECOLI: 90-111 а.о (seq1), фрагмент белка PURT_COREF: 92-113 а.о (seq2).

оба выравнивания совпадают: есть только 1 внутренний гэп - на против а.о A белка PURT_COREF (номер а.о 113), этот гэп между а.о 99(L) и 100(N) белка PURT_ECOLI.

Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями:

Выравнивание, полученное программой BLASTP, с штрафами за гэп = 11 и за удлинение гэпа = 1 (qyery - белок PURT_COREF, sbjct - белок PURT_ECOLI) : 

Query  7    IGTPLSPNATKVMILGSGELGKEVTIAFQRLGVEVHAVDRYDNAPAHQVAHFSYVIDMTD  66
            +GT L P AT+VM+LGSGELGKEV I  QRLGVEV AVDRY +APA  VAH S+VI+M D
Sbjct  4    LGTALRPAATRVMLLGSGELGKEVAIECQRLGVEVIAVDRYADAPAMHVAHRSHVINMLD  63

Query  67   AAAVRELVTTIKPDFIIPEIEALATDELVRIEQEGLATVVPTARATQLTMNREGIRRLAS  126
              A+R +V   KP +I+PEIEA+ATD L+++E+EGL  VVP ARAT+LTMNREGIRRLA+
Sbjct  64   GDALRRVVELEKPHYIVPEIEAIATDMLIQLEEEGL-NVVPCARATKLTMNREGIRRLAA  122

Query  127  EELGLPTSGYEFCSTFEEFTAAAERLGYPNVVKPVMSSSGKGQSVVTSAEDLESAWEYAM  186
            EEL LPTS Y F  +   F  A   +GYP +VKPVMSSSGKGQ+ + SAE L  AW+YA 
Sbjct  123  EELQLPTSTYRFADSESLFREAVADIGYPCIVKPVMSSSGKGQTFIRSAEQLAQAWKYAQ  182

Query  187  SGARVSNQRVIVEQFVEFDYEITLLTVRGIDPATGKPATWFCEPIGHRQQDGDYVESWQP  246
             G R    RVIVE  V+FD+EITLLTV  +D         FC P+GHRQ+DGDY ESWQP
Sbjct  183  QGGRAGAGRVIVEGVVKFDFEITLLTVSAVD------GVHFCAPVGHRQEDGDYRESWQP  236

Query  247  MEMTAPALENARSVAARITNALGGRGVFGVELFVSGDDVYFSEVSPRPHDTGLVTLATQR  306
             +M+  ALE A+ +A ++  ALGG G+FGVELFV GD+V FSEVSPRPHDTG+VTL +Q 
Sbjct  237  QQMSPLALERAQEIARKVVLALGGYGLFGVELFVCGDEVIFSEVSPRPHDTGMVTLISQD  296

Query  307  FSEFELHAKAVLGLPV-DVTLTSPGASAVIYGGVDSPGVSYAGLAEALAVAETDVRLFGK  365
             SEF LH +A LGLPV  +    P ASAVI   + S  V++  +  A+  A+  +RLFGK
Sbjct  297  LSEFALHVRAFLGLPVGGIRQYGPAASAVILPQLTSQNVTFDNVQNAVG-ADLQIRLFGK  355

Query  366  PEAFTKRRMGVAVSTAEDTATARDRATLAAAAVTVHG  402
            PE    RR+GVA++TAE    A +RA  AA  V V G
Sbjct  356  PEIDGSRRLGVALATAESVVDAIERAKHAAGQVKVQG  392

Оптимальное глобальное выравнивание ( в msf-формате ) , полученное программой needle пакета EMBOSS, с теми же штрафами: 

PURT_COREF         1 MFIPEKIGTPLSPNATKVMILGSGELGKEVTIAFQRLGVEVHAVDRYDNA     50
                        ...:||.|.|.||:||:||||||||||.|..|||||||.|||||.:|
PURT_ECOLI         1 ---MTLLGTALRPAATRVMLLGSGELGKEVAIECQRLGVEVIAVDRYADA     47

PURT_COREF        51 PAHQVAHFSYVIDMTDAAAVRELVTTIKPDFIIPEIEALATDELVRIEQE    100
                     ||..|||.|:||:|.|..|:|.:|...||.:|:|||||:|||.|:::|:|
PURT_ECOLI        48 PAMHVAHRSHVINMLDGDALRRVVELEKPHYIVPEIEAIATDMLIQLEEE     97

PURT_COREF       101 GLATVVPTARATQLTMNREGIRRLASEELGLPTSGYEFCSTFEEFTAAAE    150
                     || .|||.||||:||||||||||||:|||.||||.|.|..:...|..|..
PURT_ECOLI        98 GL-NVVPCARATKLTMNREGIRRLAAEELQLPTSTYRFADSESLFREAVA    146

PURT_COREF       151 RLGYPNVVKPVMSSSGKGQSVVTSAEDLESAWEYAMSGARVSNQRVIVEQ    200
                     .:|||.:||||||||||||:.:.|||.|..||:||..|.|....|||||.
PURT_ECOLI       147 DIGYPCIVKPVMSSSGKGQTFIRSAEQLAQAWKYAQQGGRAGAGRVIVEG    196

PURT_COREF       201 FVEFDYEITLLTVRGIDPATGKPATWFCEPIGHRQQDGDYVESWQPMEMT    250
                     .|:||:|||||||..:|      ...||.|:||||:||||.|||||.:|:
PURT_ECOLI       197 VVKFDFEITLLTVSAVD------GVHFCAPVGHRQEDGDYRESWQPQQMS    240

PURT_COREF       251 APALENARSVAARITNALGGRGVFGVELFVSGDDVYFSEVSPRPHDTGLV    300
                     ..|||.|:.:|.::..||||.|:|||||||.||:|.||||||||||||:|
PURT_ECOLI       241 PLALERAQEIARKVVLALGGYGLFGVELFVCGDEVIFSEVSPRPHDTGMV    290

PURT_COREF       301 TLATQRFSEFELHAKAVLGLPV-DVTLTSPGASAVIYGGVDSPGVSYAGL    349
                     ||.:|..|||.||.:|.||||| .:....|.|||||...:.|..|::..:
PURT_ECOLI       291 TLISQDLSEFALHVRAFLGLPVGGIRQYGPAASAVILPQLTSQNVTFDNV    340

PURT_COREF       350 AEALAVAETDVRLFGKPEAFTKRRMGVAVSTAEDTATARDRATLAAAAVT    399
                     ..|:. |:..:|||||||....||:|||::|||....|.:||..||..|.
PURT_ECOLI       341 QNAVG-ADLQIRLFGKPEIDGSRRLGVALATAESVVDAIERAKHAAGQVK    389

PURT_COREF       400 VHG    402
                     |.|
PURT_ECOLI       390 VQG    392

Оптимальное локальное выравнивание ( в msf-формате ) , полученное с помощью программы water пакета EMBOSS, с теми же штрафаи: 

PURT_COREF         7 IGTPLSPNATKVMILGSGELGKEVTIAFQRLGVEVHAVDRYDNAPAHQVA     56
                     :||.|.|.||:||:||||||||||.|..|||||||.|||||.:|||..||
PURT_ECOLI         4 LGTALRPAATRVMLLGSGELGKEVAIECQRLGVEVIAVDRYADAPAMHVA     53

PURT_COREF        57 HFSYVIDMTDAAAVRELVTTIKPDFIIPEIEALATDELVRIEQEGLATVV    106
                     |.|:||:|.|..|:|.:|...||.:|:|||||:|||.|:::|:||| .||
PURT_ECOLI        54 HRSHVINMLDGDALRRVVELEKPHYIVPEIEAIATDMLIQLEEEGL-NVV    102

PURT_COREF       107 PTARATQLTMNREGIRRLASEELGLPTSGYEFCSTFEEFTAAAERLGYPN    156
                     |.||||:||||||||||||:|||.||||.|.|..:...|..|...:|||.
PURT_ECOLI       103 PCARATKLTMNREGIRRLAAEELQLPTSTYRFADSESLFREAVADIGYPC    152

PURT_COREF       157 VVKPVMSSSGKGQSVVTSAEDLESAWEYAMSGARVSNQRVIVEQFVEFDY    206
                     :||||||||||||:.:.|||.|..||:||..|.|....|||||..|:||:
PURT_ECOLI       153 IVKPVMSSSGKGQTFIRSAEQLAQAWKYAQQGGRAGAGRVIVEGVVKFDF    202

PURT_COREF       207 EITLLTVRGIDPATGKPATWFCEPIGHRQQDGDYVESWQPMEMTAPALEN    256
                     |||||||..:|      ...||.|:||||:||||.|||||.:|:..|||.
PURT_ECOLI       203 EITLLTVSAVD------GVHFCAPVGHRQEDGDYRESWQPQQMSPLALER    246

PURT_COREF       257 ARSVAARITNALGGRGVFGVELFVSGDDVYFSEVSPRPHDTGLVTLATQR    306
                     |:.:|.::..||||.|:|||||||.||:|.||||||||||||:|||.:|.
PURT_ECOLI       247 AQEIARKVVLALGGYGLFGVELFVCGDEVIFSEVSPRPHDTGMVTLISQD    296

PURT_COREF       307 FSEFELHAKAVLGLPV-DVTLTSPGASAVIYGGVDSPGVSYAGLAEALAV    355
                     .|||.||.:|.||||| .:....|.|||||...:.|..|::..:..|:. 
PURT_ECOLI       297 LSEFALHVRAFLGLPVGGIRQYGPAASAVILPQLTSQNVTFDNVQNAVG-    345

PURT_COREF       356 AETDVRLFGKPEAFTKRRMGVAVSTAEDTATARDRATLAAAAVTVHG    402
                     |:..:|||||||....||:|||::|||....|.:||..||..|.|.|
PURT_ECOLI       346 ADLQIRLFGKPEIDGSRRLGVALATAESVVDAIERAKHAAGQVKVQG    392

Сравнение параметров выравниваний
  выравнивание BLASTP выравнивание needle выравнивание water
вес выравнивания 1126 1082 1087
%идентичности 57% 56.8% 57.7%
%сходства 70% 69.5% 70.5%
длина выравнивания 397 403 397
координаты выравнивания (вначале номера а.о белка PURT_COREF, затем PURT_ECOLI) 7, 402; 4, 392 1, 402; 1, 392 7, 402; 4, 392
%гэпов 2% 3% 2.3%

Выравнивание BLASTP имеет больше сходств с локальным выравниванием, возможно потому что само строиться по принципу локального выравнивания.

Во всех трех выравниваниях есть гэп в последовательности белка PURT_ECOLI между 213 аминокислотой (D) и 214 аминокислотой (G), протяженность гэпа - 6, в последовательности белка PURT_COREF гэпу соответствуют а.о с 218 (P) по 223 (P).

Выравнивания очень похожи, так глобальное выравнивание, локальное выравнивание и выравнивание BLASTP полностью совпадают после этого гэпа (с 214 а.о (G) по 392 а.о (G) белка PURt_ECOLI, с 224 а.о (A) по 402 а.о (G) белка PURT_COREF).

Выравнивание BLASTP и локальное выравниван ие отличается от глобального, тем, что они начинаются не с начала последовательностей а с 4 аминокислоты белка PURT_ECOLI, с 7 аминокислоты белка PURT_COREF, локальное выравнивание вообще совпадает с выравнивание BLASTP, но они имеет разный вес. Странно, ведь для подсчета используется одна и та же матрица замен аминокислот BLOSUM 62, но на некоторых позициях выравнивания есть различая начисления веса при одних и тех же а.о: так положительная замена в выравнивании BLASTP обозначается +, а в выравнивании water пишется ее вес, но на против позиции 197 белка PURT_COREF (E) - 196 белка PURT_ECOLI (K) стоит плюс в выравнивании BLASTP, но ничего нет в water, также в позициях 90 PURT_COREF - 90 PURT_ECOLI, таких примеров еще несколько.

О гомологах белка PURT_ECOLI и истории открытия:

До открытия белка PURT , был известен другой фермент, участвующий в биосинтезе пуринов - PURN , также присоединяющий остаток муравьиной кислоты к GAR (GAR - фосфорибозилглицинамид), однако он присоединяет, его не на прямую, как это делает PURT, а переносит с соединения формата с фолиевой кислотой. Несмотря на сходство реакции - формилирование GAR, не выявлено гомологии между PURT и PURN белками. PURT гомологичен белку PURK , также участвующему в биосинтезе пуринов. Что необычно на первый взгляд, ведь PURK - фермент карбоксилаза, а не трансфераза как PURT. (на основании статьи Cloning and characterization of a new purine biosynthetic enzyme: a non-folate glycinamide ribonucleotide transformylase from E. coli. [PMID: 8117714] )

И действительно, при выравнивании PURT_ECOLI и PURN_ECOLI в программ BLASTP - не выявлено гомологии (No significant similarity found)

при выравнивании же PURT_ECOLI и PURK_ECOLI выявлен общий домен, соответствующий 123-312 а.о белка PURT и 88-271 а.о белка PURK (E-value=8e-16, %идентичности=27%, %сходства=46%, длина выравнивания=192, %гэпов=5% - при стандартных штрафах за гэпы)

выравнивание согласуется с данными базы данных UniProt о белке PURT (p33221) и белке PURK (p09029) :

белок PURT содержит АТФ-связывающий домен (119-308 а.о), АТФ-связывающий домен одержит также белок PURK (84-267 а.о), белки принадлежат к АТФ-связывающему суперсемейству.

наглядно можно увидеть схожие области на карте локального выравнивания: