Биологический смысл выравнивания последовательностей белков:
Пространственное наложение структур фрагментов белков ( 1_2.pdb ):
>1 GVNQLGGVFVNGRPLPDVVRQRIVELAHQGVRPCDISRQLRVSHGCVSKILGRYYETGSIKPG ( в fasta-формате ) (фрагмент белка PAX5 с 19 по 81 а.о - нашелся BLASTP)
>2 VIGGSKPKVATPKVVEKIAEYKRQNPTMFAWEIRDRLLAERVCDNDTVPSVSSINRIIRTK ( в fasta-формате ) (фрагмент тогоже белка, но с 82 по 114 а.о)
первая последовательность показана зеленым, вторая - красным, Cα - шарки
Соответсвующее выравнивание в GeneDoc ( скачать msf-файл ):
Выравнивание тех же структур с помощью программы needle (скачать msf-файл ):
Последовательности 17 и 18 , их выравнивание совпадает с выравниванием и последовательностями 1 и 2.
Пространственное выравнивание и выравнивание последовательностей с помощью программы needle отличаются, выравнивание последовательностей имеет больший вес (по GeneDoc: 1764>1430), однако оно не соответсвует структуре. Ведь схожие пространственные структуры могут быть составлены из аминокислот с разными физико-химичискими свойствами, так альфа-спираль 1-го фрагмента с 61 по 71 а.о. сопоставлена на пространственном выравнивании альфа-спирали с 131 по 141 а.о. 2-го фрагмента, однако программа needle не расположила их друг под другом из-за разных свойств боковых остатков этих а.о. В данном случае автоматическиое выравнивание хуже пространственного.