База данных SRS http://srs.ebi.ac.uk/
1) По порядку изложения базы данных MRS и SRS ближе друг к другу (и к текстовому файлу), чем к UniProt, поле FT (особенностей цепи), на мой взгляд удобней представлено в UniProt - интересные участки наглядно показаны на цепи, при этом, использовано небольшое количество цветов, в отличии от SRS, что облегчает восприятие. В системе MRS различные домены не подкрашены на цепи, поэтому трудно представить сразу их взаимное расположение, однако, при наведении курсора на их имя - соответствующие аминокислоты белка подчеркиваются, так видно их точное расположение.
2) По запросу gam* на странице с описанием поля Taxonomy найдены:
gambusia
gammaherpesvirinae
gammapapillomavirus
gammaproteobacteria
gammaretrovirus
gammaridea
Gammaproteobacteria - английский эквивалент гамма-протеобактерий. В банке SwissProt 83513 записей белков гамма-протеобактерии (запрос [swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*]).
Белки гамма-протеобактерий, сходных по функции к белку PURT_ECOLI:
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
| Transformylase (трансформилазы) | ([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & [swissprot-Description:Transformylase*]) | 170 |
| Formate-dependent (формат-зависимые) | ([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & [swissprot-Description:Formate-dependent*]) | 85 |
| GART (бета-глицинамидрибонуклеотид трансформилаза) | ([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & [swissprot-Description:GART*]) | 82 |
| Transformylase (как первый запрос, но Transformylase в поле AllText, а не Description) | ([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & [swissprot-AllText:Transformylase*]) | 178 |
| Formyltransferase, ATP-binding, Metal-binding (фермент из класса трансфераз, АТФ и металл связывающий) | ((([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & [swissprot-Description:formyltransferase*]) & [swissprot-Keywords:ATP-binding*]) & [swissprot-Keywords:Metal-binding*]) | 80 |
| EC=2.1.2.- (запрос по коду фермента) | ([swissprot-AllText:EC=2.1.2.*] & [swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*]) | 559 |
Последовательности аминокислот белков, найденных по запросу ((([swissprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*] & [swissprot-Description:formyltransferase*]) & [swissprot-Keywords:ATP-binding*]) & [swissprot-Keywords:Metal-binding*]) сохранены в fasta-формате .
Дополнительное задание:
1) Найдено 28 статей 2005-2009 годов, в которых упоминается белок Phosphoribosylglycinamide formyltransferase (по запросу ((((([medlinenew-Year#2005:2005] | [medlinenew-Year#2006:2006]) | [medlinenew-Year#2007:2007]) | [medlinenew-Year#2008:2008]) | [medlinenew-Year#2009:2009]) & (([medlinenew-AllText:Phosphoribosylglycinamide*] & [medlinenew-AllText:formyltransferase*]) | [medlinenew-AllText:Phosphoribosylglycinamide formyltransfe rase*]))).Но мой белок называется Phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2, найдена 1 статья 2005-2009 годов, в которой он упоминается (запрос (((([medline-AllText:Phosphoribosylglycinamide*] & [medline-AllText:formyltransferase*]) & [medline-AllText:2]) | [medline-AllText:Phosphoribosylglycinamide formyltransferas e 2*]) & (((([medline-Year#2005:2005] | [medline-Year#2006:2006]) | [medline-Year#2007:2007]) | [medline-Year#2008:2008]) | [medline-Year#2009:2009])) ).
Найдено 10 статей по запросу Phosphoribosylglycinamide formyltransferase в поле abstract ( в аннотациях статей ) (запрос (([medline-Abstract:Phosphoribosylglycinamide*] & [medline-Abstract:formyltransferase*]) | [medline-Abstract:Phosphoribosylglycinamide formyltransfera se*]) ).
Но найдены 174 статьи 2005-2009 годов, в аннотациях которых упоминается GART (альтернативное название белка). По запросу ((((([medlinenew-Year#2005:2005] | [medlinenew-Year#2006:2006]) | [medlinenew-Year#2007:2007]) | [medlinenew-Year#2008:2008]) | [medlinenew-Year#2009:2009]) & [medlinenew-Abstract:GART*]).
По аналогичному запросу для GART 2 опять ничего не найдено.
2) В MEDLINE опубликовано 27 статей в 1970-ые годы с авторами, среди которых есть А.А.Нейфах. По запросу ([medline-Authors:Ne*fakh,a.a*] & [medline-Year#1970:1979]). (те буквы в фамилии Нейфаха, которые я не знаю, заменил *, третья буква неоднозначна - в MEDLINE: встречается i, y)
А.А.Нейфах интересовался митозом (в том числе синтезом РНК во время митоза, ее миграцией в клетке), эмбриональным развитием (steps of realization of genetic information in early development): изменением активности аспартатаминотрансферзы во время эмбриогенеза морского ежа, нуклеиновым контролем синтеза белка (на примеры рыб и морских ежей), миграцией РНК из ядра в цитоплазму во время эмбрионального развитя, экспрессией различных генов во время эмбрионального развития, снтезом рибосомальных РНК и многи другим...