База данных UniProt http://www.uniprot.org/
Информация о белке PURT_ECOLI:
| Метка поля | Содержание | |
| Код доступа | AC | P33221 |
| Идентификатор записи в БД | ID | PURT_ECOLI |
| Название (краткое описание) белка | DE | Рекомендуемое название: Полное = фосфорибозилглицинамидформилтрансфераза 2; Короткое = GART 2; Белок - фермент из класса трансфераз, переносит остаток муравьиной кислоты, код фермента 2.1.2.-; Альтернативные названия: GAR трансформилаза 2; 5'-фосфорибозилглицинамидтрансформилаза 2; Формат-зависимая-GARтрансформилаза |
| Дата создания документа | DT | 01-FEB-1994, внесено в базу данных UniProtKB/Swiss-Prot |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 16-DEC-2008, entry version 94 |
| Число публикаций, использованных при создании документа | RN | 7 |
| Журнал и год самой поздней публикации | RL | Mol. Cell. Proteomics 0:0-0(2008) |
| Ключевые слова | KW | 3D-структура; Ацетилирование; АТФ-связывание; Полный протеом; Прямое секвенирование белков; Магний; Металл-связывание; Нуклеотид-связывание; Биосинтез пуринов; Трансфераза |
| Что содержит поле комментариев? | СС | Функции: катализирует 2 реакции:
1)получения бета-формилглицинамидрибонуклеотида из муравьиной кислоты, АТФ и бета-глицинамидрибонуклеотида;
2)побочная реакция: получения ацетилфосфата и АДФ из уксусной кислоты и АТФ;
Каталитическая активность: муравьиная кислота + АТФ + 5'-фосфорибозилглицинамид = 5'-фосфорибозил-N-формилглицинамид + АДФ + дифосфат;
Путь реакции: метаболизм пуринов; биосинтез IMP;
N(2)-формил-N(1)-(5-фосфо-D-рибозил)глицинамид из N(1)-(5-фосфо-D-рибозил)глицинамид (добавление формата): шаг 1/1;
Субструктура: гомодимер;
Общность с другими: принадлежит к purK/purT семейству; содержит 1 АТФ-связывающий домен
Авторские права принадлежат UniProt Consortium, смотри http://www.uniprot.org/terms |
| Идентификаторы записей PDB | DR | 1EYZ, 1EZ1, 1KJ8, 1KJ9, 1KoI, 1KJJ, 1KJQ, 1NFE |
Какие аминокислоты необходимо модифицировать, чтобы белок не мог связываться с АТФ? (На основании записи поля FT)
| Номер остатка | Однобуквенное названия | Трехбуквенное название | Русское название |
| 160 | S | Ser | Серин |
| 161 | S | Ser | Серин |
| 162 | G | Gly | Глицин |
| 163 | K | Lys | Лизин |
| 164 | G | Gly | Глицин |
| 165 | Q | Gln | Глутамин |
| 195 | E | Glu | Глутаминовая кислота |
| 196 | G | Gly | Глицин |
| 197 | V | Val | Валин |
| 198 | V | Val | Валин |
| 114 | R | Arg | Аргинин |
| 155 | K | Lys | Лизин |
| 203 | E | Glu | Глутаминовая кислота |
| 267 | E | Glu | Глутаминовая кислота |
| 279 | E | Glu | Глутаминовая кислота |
Белки, похожие на PURT_ECOLI:
| Запрос | Число записей в SwissProt (аннотированные ) | Число записей в TrEMBL (неаннотированные) |
| EC=2.1.2.- (запрос по коду фермента) | 1,865 (запрос "ec 2 1 2" AND reviewed:yes) | 3,636 (запрос "ec 2 1 2" AND reviewed:no) |
| Transformylase (трансформилазы) | 539 | 149 |
| Formate-dependent (формат-зависимые) | 232 | 256 |
| GART (бета-глицинамидрибонуклеотид трансформилаза) | 692 | 1,130 |
Сравнение белка PURT_ECOLI и близкого по функциям к нему, но взятому из другого организма:
| Метка поля | Белок PURT_ECOLI | Белок PUR2_HUMAN | |
| Первый код доступа | AC | P33221 | P22102 |
| Идентификатор последовательности в БД | ID | PURT_ECOLI | PUR2_HUMAN |
| Название (краткое описание) белка | DE | Рекомендуемое название: Полное = фосфорибозилглицинамидформилтрансфераза 2; Короткое = GART 2; Белок - фермент из класса трансфераз, переносит остаток муравьиной кислоты, код фермента 2.1.2.-; Альтернативные названия: GAR трансформилаза 2; 5'-фосфорибозилглицинамидтрансформилаза 2; Формат-зависимая GARтрансформилаза | Трифункциональный белок биосинтеза пуринов аденозин-3
Включает 3 домена:
1) Рекомендуемое название: Полное = фосфорибозиламинглицинлигаза, код фермента 6.3.4.13; Альтернативные названия: Полное = глицинамидрибонуклеотидсинтетаза; Краткое = GARS; Полное = фосфорибозилглицинамидсинтетаза 2) Рекомендуемое название: Полное = фосфорибозилформилглицинамидин-циклолигаза, код фермента 6.3.3.1; Альтернативные названия: Полное = фосфорибозиламиноимидазолсинтетаза; Полное = AIR-синтетаза; Краткое = AIRS; 3) Рекомендуемое название: Полное = фосфорибозилглицинамидформилтрансфераза, код фермента 2.1.2.2; Альтернативные названия: Полное = 5'-фосфорибозилглицинамидтрансформилаза; Полное = GAR-трансформилаза; Краткое = GART; |
| Дата создания документа | DT | 01-FEB-1994, внесено в базу данных UniProtKB/Swiss-Prot | 01-AUG-1991, внесено в базу данных UniProtKB/Swiss-Prot |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 16-DEC-2008, entry version 94 | 20-JAN-2009, entry version 104 |
| Название организма | OS | Escherichia coli (strain K12) | Homo sapiens (Human) |
| Классификация организма (список таксонов) | OC | Царство: Бактерии Тип: Протеобактерии Класс: Гамма-протеобактерии Порядок: Энтеробактерии Семейство: Энтеробактерии Род: Escherichia Вид: Кишечная палочка |
Эукариоты Животные Хордовые Позвоночные Млекопитающие Плацентарные Приматы Сухоносые Гоминиды Люди Человек разумный |
| Длина последовательности | ID | 392 аминокислотных остатка | 1010 аминокислотных остатка |
| Молекулярная масса белка | SQ | 42434 грамм/моль | 107767 грамм/моль |
| Число публикаций, использованных при создании документа | RN | 7 | 9 |
| Журнал и год самой поздней публикации | RL | Mol. Cell. Proteomics 0:0-0(2008) | Cell 131:1190-1203(2007) |
| Описание вторичной структуры | FT | Helix - альфа-спираль (16)
Strand - бета-тяж (22)
Turn - бета-поворот (1)
Интересно, что данные RasMol (команда strucrure, файл 1EYZ) другие: альфа-спирали (30) бета-тяжи (55) бета-повороты (66) |
Helix - альфа-спираль (37)
Strand - бета-тяж (48)
Turn - бета-поворот (6)
Интересно, что данные RasMol совсем другие (команда structure, файл 1MEJ): альфа-спирал (23) бета-тяжи (33) бета-повороты (51) |
| Ключевые слова | KW | 3D-структура; Ацетилирование; АТФ-связывание; Полный протеом; Прямое секвенирование белков; Магний; Металл-связывание; Нуклеотид-связывание; Биосинтез пуринов; Трансфераза | 3D-структура; Альтернативный сплайсинг; АТФ-связывание; Лигаза; Марганец; Металл-связывание; Мультифункциональный фермент; Нуклеотид-связывание; Фосфопротеины; Полиморфизм; Биосинтез пуринов; Трансфераза |
| Темы, освещённые в комментариях | СС | В комментариях освещены функции белка, катализируемые реакции, приведены уравнения реакций, метаболические пути (метаболизм пуринов), побочная реакция, субструктура (гомодимер), принадлежность к семейству purT/purK, белок содержит 1 АТФ-связывающий домен; скзано, что авторские права принадлежат UniProt Consortium | В комментариях приведены уравнения катализируемых реакций, метаболические пути (метаболизм пуринов), продукт альтернативного сплайсинга; с N-конца белок принадлежит (по каталитической активности) к GARS семейству (синтетазы), по центру - к семейству AIR синтетаз, с C-конца - к семейству GART (трансферазы); белок содержит 1 АТФ-связывающий домен; сказано, что авторские права принадлежат UniProt Consortium |
| Особенности последовательности | FT | Первая аминокислота - метионин, с которой начинаются бактериальные белки, удалена после трансляции; указаны участки, связывающиеся с субстратом (5'-фосфорибозилглицинамид), с АТФ, с магнием; аминокислотный остаток номер 179 - модифицированный (N6ацетиллизин); в поле FT описана вторичная структура | Указаны участки, связывающиеся с АТФ, участки связывающие субстрат и каталитически активные участки (AIR синтетаза, GAR трансфераза); 915 аминокислотный остаток (активный сайт) - протонный донор (гистидн), 951 аминокислотный остаток (аспарагиновая кислота) - поднимает pKa активного сайта; показаны участки, связывающие марганец, 348 остаток - тирозин - модифицирован - фосфорилирован; показаны участки, отсутствующие в короткой изоформе (при альтернативном сплайсинге); описана вторичная структура |
| Идентификаторы записей PDB | DR | 1EYZ, 1EZ1, 1KJ8, 1KJ9, 1KoI, 1KJJ, 1KJQ, 1NFE | 1MEJ, 1MEN, 1MEO, 1NJS, 1RBM, 1RBQ, 1RBY, 1RBZ, 1RC0, 1RC1, 1ZLX, 1ZLY, 2QK4, 2V9Y |
Оба белка - ферменты трансферазы, участвующие в биосинтезе пуринов, но второй белок, человеческий, многофункциональный фермент, также лигаза и синтетаза, он больше бактериального белка. У белка PURT_ECOLI 1-ая аминокислота - метионин отщепляется после трансляции, что характерно для бактериальных белков, у человеческого же белка - этого не происходит. Запись о белке PUR2_HUMAN была внесена в базу данных UniProtKB/Swiss-Prot раньше (01-AUG-1991), чем запись о белке PURT_ECOLI (01-FEB-1994), что, возможно, говорит о том, что исследование белков человека - более актуальная проблема.
Белки, близкие по описанию к белку PURT_ECOLI, для которых известна третичная структура: