Введение в PyMOL

1 Ионное окружение в структуре 1KMY банка PDB

В структуре присутсвует ион железа, окруженный (на расстоянии 3 Å) остатками Glu-260, His-146, His-210 белка 2,3-дигидробифенил-1,2-диоксигеназы. Так же в окрестности иона железа пасполагается молекула лиганда - BPY (бифенил-2,3-диол).

Остатки 67 записи 7GPB.

Структура записи 7GPB расшифрована в 1990 году. Разрешение 2.9 Å.
Рассмотрим остатки с номерами 67. Остатки всех 4 полипептидных цепей с номером 67 - триптофаны. Ароматическая система боковой цепи триптофана должна быть плоской, однако ни один из этих а.о. не имеет плоской структуры. На рисунке изображен 67 TRP цепи D, ароматические кольца которого практически перпендикулярны:

В поле REMARK PDB файла нет информации об этих остатках. Скорее всего, такая ошибка вызвана тем, что так атомы лучше вписываются в электронную плотность, а у программы которая вписывает их, нет ограничений на то, что ароматические кольца должны быть плоскими.

Изучение остатков 21 записи 2B5A.

Эта структура расшифрована в 2005 году. Разрешение 1.54 Å.

Остатки с номерами 21 - глутамины. Необычным является остаток 21 цепи С:

Боковая цепь остатка представлена в 2 конформациях (A и B). В поле REMARK нет информации об этом остатке. Координаты обеих конформаций записаны в поле ATOM:

ATOM   1404  N   GLN C  21      20.209  31.249  32.802  1.00 17.96           N  
ATOM   1405  CA AGLN C  21      19.364  32.425  32.992  0.50 19.11           C  
ATOM   1406  CA BGLN C  21      19.326  32.397  33.057  0.50 20.53           C  
ATOM   1407  C   GLN C  21      19.993  33.363  34.029  1.00 16.88           C  
ATOM   1408  O   GLN C  21      19.948  34.602  33.860  1.00 16.48           O  
ATOM   1409  CB AGLN C  21      17.931  32.039  33.379  0.50 20.64           C  
ATOM   1410  CB BGLN C  21      17.973  31.950  33.643  0.50 22.06           C  
ATOM   1411  CG AGLN C  21      17.034  33.216  33.781  0.50 20.74           C  
ATOM   1412  CG BGLN C  21      16.993  31.438  32.609  0.50 23.71           C  
ATOM   1413  CD AGLN C  21      17.055  34.359  32.789  0.50 24.73           C  
ATOM   1414  CD BGLN C  21      15.641  31.013  33.167  0.50 26.46           C  
ATOM   1415  OE1AGLN C  21      17.097  34.149  31.567  0.50 20.63           O  
ATOM   1416  OE1BGLN C  21      15.470  30.787  34.370  0.50 32.44           O  
ATOM   1417  NE2AGLN C  21      17.048  35.589  33.309  0.50 17.33           N  
ATOM   1418  NE2BGLN C  21      14.666  30.890  32.270  0.50 27.89           N

Можно заметить, что атомы боковых групп этих конформаций имеют коэффициент заполнения 0.5, что говорит о том, что в половине половине элементарных ячеек этот остаток представлен в A конформации, а в половине - в B конформации.

Изучение участка цепи C записи 1GT0 с 75 по 100 а.о.

Структура расшифрована в 2002 году. Разрешение 2.6 Å.

Изображение фрагмента цепи C с 75 по 100 а.о. с подписанными CA-атомами:

Как видно из рисунка, участок структуры цепи C с 78 по 96 а.о. отсутствует, но в поле REMARK нет информации об этих пропущенных остатках.

3 Скрипт PyMol

Результатом работы следующего скрипта является изображение фрагмента цепи C записи 1GT0 с 75 по 100 остаток с подписанными CA-атомами:

 
load 1gt0.pdb
hide all
select fr, chain c and resi 75-100
show sticks, fr
label fr and n. CA, "%s - %s" % (resn, resi)
set label_position, (0.0, 0.0, 5.0)
orient fr