Для заданий 1-3 используем файл 2puc_assembly.pdb с биологической единицей.
1) Изображение поверхностей димера пуриновых репрессоров записи 2PUC PDB:
a) изображение поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной модели мономера:
Избражение получено с помощью команд в Pymol:
hide all create obj, chain a+d select cont, chain a and (chain d around 5.5) remove chain d show surface, cont set transparency, 0.2 set surface_quality, 2 show ribbon, chain a ray
b) изображение поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт (PyMol скрипт ):
c) избражение поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной модели двойной спирали (PyMol скрипт ):
2) Площадь контакта мономеров белков. Сервис PROTORP.
Согласно PROTORP, площадь контакта мономеров белков в 2puc_assembly.pdb (цепи A и D) составляет 2539.86 Å, на гидрофобные взаимодействия (между неполярными атомами) приходится 43.49% от этой площади.
3) Гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров белка. Сервис CluD.
С помощью сервиса CluD найдены гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров того же белка (цепи A и D 2puc_assembly.pdb) объемом не менее 10 атомов ( выдача CluD). CluD нашел 12 гидрофобных кластеров, некоторые из которых содержат меньше 10 атомов, несмотря на запрос к сервису найти кластеры с объемом не меньше 10 атомов.
Изображение поверхности контакта цепи A с цепью D, поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные гидрофобные кластеры, выделена разными цветами, а остальная поверхность окрашена белым цветом (PyMol скрипт ):
4) Сервер pDomains.
На сервере pDomains определена доменная стуктура цепи A записи 1EYZ. Разные методы выделения доменов дали разые результаты, примерно одинаково все они определили только 1-ый (N-концевой) домен белка. Так выглядит доменная структура по SCOP (красный: 2-122; синий: 113-318; желтый: 319-392):
Для цепи A записи 2PUC также получены разные результаты разными методами, но многие из них примерно одинаково определили N-концевой домен, взаимодействующий с ДНК. Так выглядит доменная структура по SCOP (красный: 2-57; синий: 58-339), первый домен является ДНК-связывающим, а второй - корепрессор-связывающим:
