1) В записи 2B5A глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, такие же глутамины трёх других цепей – по одной конформации.
На рисунке изображены 2 альтернативные конформации глутамина 21 цепи C и поверхности уровней 1 (покрашена в желтый цвет) и 0.5 (белая) электронной плотности в окрестности этого остатка (B конформация бокового остатка Gln-21 слева).
Значение поверхности электронной плотности соответсвует заряду электронного облака на Å3.
Как видно из рисунка, электронная плотность между атомами Cγ и Cδ конформации B ниже, чем между теми же атомами конформации A.
Странно, что поверхность уровня 1.0 не покрывает связь Cγ - Cδ конформации A, однако ее покрывает поверхность уровня 0.5, соответсвующая меньшей плотности заряда.
Изображение остатка Gln-21 цепи A:
Электронная плотность вокруг этого остатка схожа с плотностью в окрестности A конформации остатка Gln-21 цепи C.
2) Для моей структуры 1EYZ не удалось добыть файл с электронной плотностью на сайте EDS ( No map available ).
Изображение электронной плотности для остатка Tyr-39 цепи A из структуры 2B5A:
