Характеристики PDB-файла; биологические единицы

Технические характеристики записи 1EYZ PDB:

Разрешение: 1.75 Å
Число рефлексов: 83396
Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного): 96.1
R-фактор: 0.185
Свободный R-фактор: 0.228
Число рефлексов, использованных для его вычисления: 8340
Процент рефлексов, использованных для вычисления свободного R-value: ~ 10%
Кристаллографическая группа симметрии: 21 21 2
Тип симметрии ячейки: P (нецентрированная прямоугольная ячейка)
Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решётки): 62.300 Å, 179.500 Å, 75.700 Å
Базисные периоды ортогональны (углы между веторами a , b и c равны 90 °)
Абсолютная система координат совпадает с депонируемой
Согласно записи PDB, асимметрическая единица совпадает с биологической единицей, представляющей гомодимер из цепей A и B.

В структуре есть атомы, с коэффициентом заполнения < 1. Глутамин 93 цепи A имеет 2 альтернативные конформации боковой цепи, атомы боковой цепи обоих конформаций (A и B) имеют коэффициент заполнения 0,5, что означает, что в половине элементарных ячеек этот остаток представлен в A конформации, а в половине - в B конформации.

    
ATOM    693  N   GLN A  93      34.851  28.444  42.599  1.00 22.21           N  
ATOM    694  CA  GLN A  93      34.662  27.260  43.436  1.00 33.39           C  
ATOM    695  C   GLN A  93      34.467  26.034  42.582  1.00 28.51           C  
ATOM    696  O   GLN A  93      35.138  25.012  42.714  1.00 21.94           O  
ATOM    697  CB AGLN A  93      33.392  27.446  44.275  0.50 26.97           C  
ATOM    698  CB BGLN A  93      33.411  27.410  44.336  0.50 43.88           C  
ATOM    699  CG AGLN A  93      33.658  27.499  45.784  0.50 84.50           C  
ATOM    700  CG BGLN A  93      33.651  27.669  45.846  0.50 86.26           C  
ATOM    701  CD AGLN A  93      32.438  28.004  46.521  0.50 64.77           C  
ATOM    702  CD BGLN A  93      34.917  27.057  46.438  0.50 58.40           C  
ATOM    703  OE1AGLN A  93      31.574  27.206  46.924  0.50 34.32           O  
ATOM    704  OE1BGLN A  93      34.974  25.847  46.707  0.50 50.76           O  
ATOM    705  NE2AGLN A  93      32.342  29.330  46.648  0.50 27.60           N  
ATOM    706  NE2BGLN A  93      35.924  27.906  46.680  0.50 33.90           N

Изображение Альтернаитвных конформаций Gln-93:

Относительные координаты одного из Сα-атомов белка:

Для вычисления относительных координат атомов записи 1EYZ, небходими координаты атома умножить на матрицу:

0.016051  0.000000  0.000000        
0.000000  0.005571  0.000000        
0.000000  0.000000  0.013210

и прибавить нулевой вектор. Относительные координаты Сα-атома THR-2 (39.390 15.031 22.008) цепи A: 0,63224889 0,083737701 0,29072568

Асимметрическая и биологическая единицы записи 2PUC:

Асимметрическая еденица записи 2PUC содержит 2 молекулы: цепь A белка - пуринового респрессора и цепь B ДНК.

Биологическая еденица содержит 2 молекулы белка (цепи A и D) и 2 молекулы ДНК (цепи B и C).

Анализируя структуру только асимметрической единицы невозможно получить информацию о контакте молекул репрессора между собой, а также полную информацию о контактах репрессора с ДНК. Так, например цепь A белка взаимодействует не только с молекулой В ДНК, но и с молекулой C.