1. Мутагенез в белке записи 1LMP
Выделим атомы белка, расположенные на расстоянии ближе 5 ангстрем к лиганду:
select a, (not het) and ((het and (not resn hoh)) around 5.0)
Затем изобразим а.о., включающие в себя эти атомы, более жирными линиями:
show sticks, (byres a)
На рисунке изображен белок, лиганд (фиолетовый), а.о. остатки, взаимодействующие с лигнадом в виде sticks, ASP-101 подписан:
Замена ASP-101 вероятно может повлиять на связывание лиганда. Заменим его на фенилаланин.
Полученную структуру сохраним как 1lmp_modified.pdb
2. Создание анимационного ролика, иллюстрирующего эту мутацию (mpeg)
3. Построение поли-аланиновой последовательности в форме валентинки
4. Скрипт для построения поли-аланиновой альфа-спирали длиной 100 аминокислот
