1. Точечные заряды на атомах этана
С помощью babel сделаем pdb файл этана et.pdb из результатов оптимизации предыдущего практикума.
С помощью скрипта Ante_RED.pl подготовим pdb файл:
Ante_RED.pl et.pdb
Согласно p2n файлу , заряд молекулы 0, мультиплетность 1. Переименуем файл в Mol_red1.p2n, запустим RED:
RED-vIII.4.pl
Получаем файл Mol_m1-o1.mol2 с координатами атомов и зарядов.
2. Описание молекулы в формате пакета GROMACS
Создадим файл с описанием et.top , используя точечные заряды, вычисленные скриптами RED, а также данные о жесткости и длины связи сс из прошлого занятия.
3. Моделирование испарения этана
В газовой фазе расстояние между молекулами этана ~ 50 ангстрем ( файл для газа ). Второя система имеет такую же плотность как и жидкий этан ( файл для жидкой фазы ). Наша задача провести короткое моделирование динамики каждой из этих систем о определить разницу в энергии VdW взаимодействий между системами. И сравнить эту разнице с энтальпией испарения этана. При Т=25 это значение равно 5.4 кДж/моль.
Вспомним, что epsilon для водорода нам не известна. С помощью bash-скрипта создадим 7 топологий с разными значениями epsilon и проведем для них расчеты ( файл с настройками для динамики).
4. Оценка значения epsilon для водорода и сравнение вкладов кулоновских и VdW взаимодействий
Вклад кулоновских взаимодействий меньше, чем VdW для каждой из 7 топологий. Чтобы энтальпия испарения этана воспроизводилась, значение epsilon должно лежать в диапозоне от 0.01562 до 0.03703.